1.國內企業因為優惠過多，利潤外流，深感不公平；中國加入世貿組織後，在給予外國企業全面國民待遇的同時，繼續在減免稅、土地使用等方面給予外國企業特殊優惠政策。國內企業以不正當的方式表達不滿，也造成了國內市場的各種扭曲競爭。外資的高回報最終可能導致中國的國際收支逆差。
2.可能造成新的結構性矛盾；跨國公司長期投資回報率高的行業，會引起中國產業結構新的不合理變化。外資的進入並沒有直接帶動中國的自主研發能力。
3.經濟安全受損；雖然許多跨國公司的R&D機構都設在中國，但這並不能使它們的科研成果為中國服務。跨國公司在華的信息部門和調查機構為外國情報機構提供了便利。中國在國外防範各種商業秘密和其他秘密的難度要大得多。
4.抵禦風暴的財政能力受到了新的考驗；隨著人民幣的逐步國際化、金融服務貿易的開放和資本市場的啟動，安全問題也隨之而來，不是說開放不安全，而是要相應加強防範意識、預警體系和保障措施。
5.人才的競爭更加激烈；毫無疑問，跨國公司的人事制度具有巨大的優越性和誘惑力。跨國公司的違法行為和不正當競爭有所增加，壹些跨國公司並沒有給中國的商業文明、人權進步和法制完善帶來積極的促進作用。