任何事情都有兩面性。互聯網給外貿企業帶來便利的同時，也將外貿企業引入安全陷阱。目前，阻礙外貿企業廣泛應用電子商務的第壹個也是最大的問題是安全問題。
1.互聯網安全管理:網絡安全不僅是安全技術問題，也是管理問題。壹方面，網絡由各種各樣的服務器、工作站和終端組成，因此整個網絡繼承了各自的安全風險。另壹方面，用戶要合理操作各種安全設備，否則再好的設備也不安全。
2.網絡系統軟件本身的安全性:網絡系統軟件本身的安全性直接關系到網絡安全，網絡系統軟件的安全功能少或不全，系統定時的疏忽或不周到所留下的問題，都相當於給危害網絡安全的因素留下了許多“後門”。
3.網絡系統中數據庫的安全性設計:數據庫的安全性是保證數據的安全性、可靠性和有效性。數據庫不安全，如授權用戶更改超出其訪問權限的活動；非法用戶繞過安全內核，竊取信息資源。
4.傳輸線路安全和質量問題:當線路的通信質量不好時，無論采用什麽傳輸線路，都會直接影響組網效果。自然力造成的數據丟失、設備故障、線路阻塞甚至網絡中斷，都會嚴重危及通信數據的完整性。
5.其他威脅網絡安全的典型因素:計算機黑客、內部人員犯罪、程序共享引發的沖突、計算機病毒等都是威脅網絡安全的重要因素。
第二，管理模式的矛盾
電子商務作為壹種全新的商業模式，在給世界經濟帶來前所未有的機遇的同時，也給各國政府和企業界帶來了巨大的挑戰。電子商務在廣度和深度上強烈地沖擊著傳統的管理模式，必然導致外貿企業的管理思想、行為模式、管理理論和方法的深刻變革。
1.在外貿企業中，電子商務模式的應用可以減少管理層次和管理人員的數量，而企業裁員必然會影響到外貿企業員工的心理情緒。當員工處於被裁員的恐慌中時，他們的工作效率就會降低。
2.外貿企業在應用電子商務的過程中，需要投入巨額資金購買設備和維護系統，使得以往傳統管理模式下的財務管理和資金周轉困難。
3.在傳統的管理模式下，外貿企業的管理者只需要熟悉外貿流程，策劃電子商務項目，搭建電子商務系統，最後靈活運用到企業管理中。其執行率很大程度上取決於外貿企業的相關技術人才。在這種情況下，外貿企業必然會出現人才短缺。
第三，電子商務的誠信問題
眾所周知，信用是市場經濟的基礎，信用體系是隨著市場經濟的成熟和發展而逐步建立和完善的。電子商務對商家的信譽度要求很高，信用體系的建立和完善是電子商務發展不可或缺的條件之壹。壹般來說，誠信問題可以分為兩個方面:
1.出口商缺乏誠信的現象，比如假冒偽劣產品多，售後服務沒有保障；部分商品質量差、廣告誇大，使得國外客戶對我國外貿企業的電子商務缺乏信任，成為阻礙我國外貿企業電子商務發展的瓶頸。
2.外國客戶缺乏信譽。外貿企業的電子商務訂單全部來自互聯網，而我國外貿企業對國外客戶缺乏足夠的了解，容易引發貿易糾紛，國際貿易訴訟可能影響我國的國際關系。國內有學者指出，電子商務的問題不僅僅是電子問題，更是商業信用問題，是商業信用賴以存在的道德問題。因此，電子商務的信用問題也是我國外貿企業發展電子商務的壹大挑戰。
第四，法律法規的滯後
在傳統的國際貿易過程中，買賣雙方不可避免地會發生糾紛。電子商務作為壹種全新的商務活動方式，也不可避免地會引發壹系列法律糾紛，而網上糾紛有別於傳統糾紛，如網上交易中的經濟糾紛、隱私保護、商業合同認證、電子商務如何征稅、交易形式的要求、簽名的確認、合同的起草、電子提單的形式和轉讓、電子貨幣等等。又如，傳統的國際貿易紙質合同是通過手寫簽名或蓋章來識別身份，以確定合同是否有效，而在電子商務合同中，既沒有紙質協議，也沒有手寫簽名或蓋章，而是通過數字簽名來確認。需要解決這些電子合同和數字簽名的法律效力等新問題，使整個國際電子商務始終處於良性有序的發展之中。有必要將這些新問題納入規範化、法制化的軌道，用法律手段來規範和調整新型國際電子商務關系。顯然，在全球範圍內，統壹的國際電子商務法未必能夠制定。在這種情況下，我國外貿企業出於自身經濟利益的考慮，將會遭受巨大損失。