根據上述職責，省經濟貿易委員會設21個內設機構：
（壹）辦公室
綜合協調委機關和直屬單位工作，督促重大事項的落實；承擔委機關文電、機要、檔案、保密、電子政務、政務信息、政務公開、績效評估、信訪等工作；起草委機關重要文件；建立健全委機關規章制度；負責委機關行政後勤工作。
（二）綜合處
綜合分析工業、內貿運行和產業發展的重大問題；起草委機關重要報告和領導講話，負責全委各項資料綜合和信息匯總；負責宣傳及編發內刊工作；指導、監督和管理典當行業；組織協調委機關有關調研工作。
（三）政策法規處（省減輕企業負擔辦公室）
組織、協調和參與起草我省有關工業、內貿地方性法規和政府規章；調查研究經貿系統依法行政和法制建設中出現的新情況、新問題並提出建議，承擔委機關有關規範性文件的合法性審查，指導委機關規範性文件的清理，承擔委機關有關行政復議和行政訴訟工作；依法指導企業法律顧問工作；綜合協調委機關有關行政執法工作，監督檢查全省經貿行政執法；承擔減輕企業負擔的有關工作。
（四）計劃財務處
按規定負責編制委機關預決算草案，管理行政事業經費和專項資金；指導、監督直屬單位的財務工作；負責委機關和直屬單位的國有資產管理、政府采購和內部審計等工作。
（五）投資和規劃處
研究提出並組織實施我省新型工業化發展戰略、規劃及結構調整；組織編制有關專項規劃；監測分析工業固定資產投資狀況，提出工商領域固定資產投資方向；按規定負責管理工商領域企業投資項目；協調解決重大工業項目建設中存在的問題；按規定辦理工商領域企業投資項目進口設備免稅確認手續；依法監督管理權限範圍內的項目建設招投標工作。
（六）產業協調處
組織擬訂並監督執行國家產業政策，統籌指導、協調行業準入；擬訂產業結構調整目錄，指導、協調產業結構優化升級，統籌規劃、指導新興產業、生產性服務業的發展；統籌規劃、指導、協調重大產業基地、產業集群和工業產業園區建設；指導、協調我省工業企業與央屬企業合作；指導、協調閩臺產業對接有關工作；會同有關部門統籌、規劃、協調工業化和信息化的融合工作。
（七）技術進步處
擬訂並組織實施有關產業技術提升和企業技術創新的政策措施；承擔指導協調企業技術創新公***服務平臺建設有關工作；指導和推動產學研聯合，組織實施重大產業示範工程；指導引進重大技術裝備的消化創新；指導推進全省工業企業新技術、新工藝、新產品推廣應用工作；統籌協調工業行業技術規劃和標準；指導行業質量提升和品牌管理。
（八）企業處
指導、推動工業和內貿企業提升經營管理水平；擬訂創業投資業發展規劃和政策，指導和規範創業投資業發展；承擔創業投資企業備案管理工作；參與指導工業、內貿企業融資工作；指導推動企業信用體系建設。
（九）中小企業處
負責指導和服務中小企業；牽頭擬訂促進中小企業發展的政策措施；指導中小企業服務體系建設，負責指導融資擔保體系建設和融資性擔保機構、小額貸款機構管理；指導和促進中小企業的對外交流合作；協調解決中小企業發展中的有關問題；承擔指導和服務鄉鎮企業發展的有關工作。
（十）能源處
負責全省電力、煤炭、石油、天然氣、新能源和可再生能源等的行業管理；負責監測能源發展情況並發布能源信息；銜接電力、煤炭的生產和供需平衡，協調解決電力、煤炭運行中的重大問題；培育和監管能源市場，提出能源價格調整建議；負責煤炭的應急儲備等工作；負責全省電網運行與調度管理、發電企業並網運行條件審查；按規定承擔煤炭生產、經營和電力行業的管理和有關安全生產監督管理工作。
（十壹）環境和資源綜合利用處
會同有關部門擬訂並協調實施能源資源節約和綜合利用、發展循環經濟、促進清潔生產的規劃和政策措施；按規定監督管理固定資產投資項目節能評估和審查；組織開展節能目標責任評價考核和重點用能單位節能監督管理；開展節能、循環經濟、清潔生產執法監督檢查；推動相關重點工程建設以及新產品、新技術、新設備、新材料的推廣應用；組織開展全省資源綜合利用認定，會同有關部門組織開展清潔生產審核；協調工業汙染治理；指導再生資源回收利用工作。承擔福建省節能減排（應對氣候變化）工作領導小組有關綜合協調和節能方面的日常工作。
（十二）商貿管理和市場體系建設處
擬訂並組織實施健全規範市場體系的政策，推動流通標準化；指導大宗商品批發市場規劃和城市商業網點規劃、商業體系建設，推進農村商品流通體系建設；按有關規定對拍賣、租賃（實物租賃與融資租賃）、汽車流通、舊貨流通和再生資源流通行業等進行監督管理；依法承擔有關商貿服務業（含有關商業、餐飲業、住宿業及有關服務業）的行業管理及有關安全生產監督管理工作，指導商貿行業文明建設；推動流通體制改革和連鎖經營、商業特許經營、物流配送、電子商務等現代流通方式的發展；指導流通領域科技和節能降耗工作。
（十三）市場運行調節處（省副食品基地辦公室）
擬訂並組織實施商品市場運行調節的政策；負責監測分析市場運行、商品供求狀況，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；負責建立健全生活必需品市場供應應急管理機制；負責組織實施重要消費品市場調控和重要生產資料流通管理，組織實施重要商品（肉、糖、菜等）市場調控、儲備管理和應急商品調控；負責城市副食品基地建設，協調副食品生產供應工作；按有關規定對原油、成品油流通進行監督管理和承擔應急保障等工作；負責酒類流通管理工作；依法承擔相關行業有關安全生產監督管理工作。
（十四）市場秩序處
承擔牽頭協調整頓和規範全省市場經濟秩序、省社會信用體系建設的相關工作；推動商務領域信用建設；組織開展內貿綜合行政執法；指導、管理商務舉報投訴工作；負責畜禽屠宰管理工作。承擔省整頓和規範市場經濟秩序領導工作小組、省社會信用體系建設工作領導小組的日常工作。
（十五）裝備工業處（省國防科技工業辦公室）
承擔國防科技和裝備工業（含民爆器材）的行業管理工作，協調解決行業發展中的重大問題；組織實施產業政策，擬訂相關行業的發展戰略、中長期規劃、年度計劃及產業政策建議，引導行業布局，促進技術進步與結構調整；負責起草相關行業地方性法規和政府規章；擬訂行業技術規範和標準；負責行業經濟技術信息統計、匯集、整理和發布工作；依法負責民爆產品生產、經營許可證的發放和管理；依法承擔相關行業有關安全生產監督管理工作。承擔省國防科技工業領導小組的日常工作。
（十六）原材料工業處（省履行禁止化學武器公約事務辦公室、省稀土辦公室）
承擔鋼鐵、有色、黃金、稀土、石化、化工、建材等的行業管理工作，協調解決行業發展中的重大問題；組織實施產業政策，擬訂相關行業的發展戰略、中長期規劃、年度計劃及產業政策建議，引導行業布局，促進技術進步與結構調整；負責承辦我省《禁止化學武器公約》的有關事務，按規定負責管理有關監控化學品的生產、銷售、儲存、使用等；依法負責農藥產品生產、經營許可證的發放和管理；負責指導新型墻體材料發展應用管理和散裝水泥的監督管理工作；組織協調、指導全省稀土綜合開發和合理利用；負責起草相關行業地方性法規和政府規章；制訂行業技術規範和標準；負責行業經濟技術信息統計、匯集、整理和發布工作；依法承擔相關行業有關安全生產監督管理工作。
（十七）消費品工業處
承擔輕工、紡織、食品、醫藥、家電等工業和醫藥商業行業管理工作，協調解決行業發展中的重大問題；組織實施產業政策，擬訂相關行業的發展戰略、中長期規劃、年度計劃及產業政策建議，引導行業布局，促進技術進步與結構調整；擬訂並組織實施鹽業發展規劃政策措施，擬訂並組織實施全省工業鹽、食鹽年度生產總量平衡計劃及政府儲備計劃，負責全省食鹽專營和鹽政執法的監督；承擔中藥材生產扶持項目管理、省級國家醫藥儲備管理監督工作；負責起草相關行業地方性法規和政府規章；制訂行業技術規範和標準；負責行業經濟技術信息統計、匯集、整理和發布工作；依法承擔相關行業有關安全生產監督管理工作。
（十八）經濟技術協作處（省政府對口支援辦公室）
負責組織、協調、指導和服務經濟技術協作、區域經濟合作工作；參與擬訂我省經濟技術協作、區域經濟合作的有關政策；聯系外省政府駐閩辦事機構；指導協調全省對口支援工作，牽頭編制並組織實施對口支援的指導性計劃；參與我省對口支援項目的籌劃、協調和督促檢查。
（十九）支前工作處
組織協調有關部門做好支前工作；指導督促有關部門做好戰備物資的儲備和管理工作；承擔軍民***建相關工作；協助有關部門做好部隊後勤供應保障工作，幫助支持駐閩部隊做好生產、生活項目建設。承辦省國防動員委員會支前辦公室的具體工作。
（二十）食品安全工作處
負責食品安全綜合協調以及食品安全綜合信息公布，協調或組織食品安全重大事故查處；組織貫徹執行國家食品安全的法律、法規和方針、政策，參與起草我省有關食品安全監管的地方性法規和政府規章；負責擬訂全省食品安全工作的中長期發展規劃和年度工作實施方案，確定食品安全工作重點和階段性工作目標；負責建立健全全省食品安全工作信息報告、發布制度；負責組織協調和綜合全省食品安全工作的重大事項並向省政府提出意見和建議；根據年度預算安排，負責提出省級食品安全重點項目建設資金扶持計劃；負責組織開展全省食品安全工作的專項治理和年度督查工作；牽頭組織協調食品安全信用體系建設。承擔省食品安全委員會的日常工作。
（二十壹）人事處
負責委機關和直屬單位機構編制、人事管理等工作；承擔組織和指導工程與經濟系列專業技術職務評審的有關工作。
機關黨委
負責委機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處
負責委機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
四、人員編制
省經濟貿易委員會機關行政編制為218名（含離退休幹部工作人員行政編制 5 名和經濟運行局行政編制）。其中：主任1名、副主任5名（不含兼職），正處級領導職數24名（含機關黨委專職副書記1名、離退休幹部工作處處長1名、經濟運行局局長1名）、副處級領導職數36名。
機關工勤人員事業編制 32名（含離退休幹部工作人員司機編制6名）。
五、直屬行政機構
省經濟貿易委員會經濟運行局，機構規格為正處級。
主要職責：監測分析工業運行態勢並發布相關信息，協調解決運行中的有關問題；擬訂工業運行調控目標、政策和措施，負責全省工業總量平衡；建立並組織實施重點行業、重點企業、重點產品運行調度機制和應急調度機制，組織煤、電、油、氣及其他重要物資的緊急調度；指導產業安全相關工作；擬訂並組織實施全省重點支農產品、重要工業品、重要生產原材料等的調控方案；牽頭協調各種交通運輸方式；牽頭擬訂並組織實施現代物流產業發展戰略和規劃；建立工業企業服務機制。