辦公室
負責市局的日常事務；負責起草和審核相關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、公文管理、文件檔案、機要通信、信訪、保密、調研、政務信息、督查、辦公自動化、NPC和CPPCC提案辦理、新聞發布等工作；負責制定內部規章制度；負責行政機關財務管理，協調行政機關行政管理工作；負責印刷工作的管理。
規劃統計組
負責編制全市地方稅收長遠規劃和年度稅收計劃並監督實施；負責地方稅收會計、統計和稅收征收入庫的管理和監督；負責地方稅、費、基金的票證管理；負責稅源監控和調查。
財務管理科
負責全市地稅系統財政資金、固定資產和專項資金的管理、監督和審計，領導幹部離任經濟責任審計；負責全市地稅系統財政預決算的編制、審核和匯總；負責接收和分配各種資金；負責全市地稅系統的設備管理；負責基建財務管理和政府采購。
政策和法規科
負責會簽政府部門涉稅文件，根據稅收法律、法規、規章協調稅收管理部門，制定和完善地方稅收規範性文件；調查、分析和評估稅收政策的執行情況；負責承辦稅務和政治審批事項的審批；負責審理重大稅收案件；負責組織系統的稅收執法檢查；負責落實稅收執法責任制；負責稅務行政審批制度改革；負責承辦涉及市局的稅務聽證、行政復議、行政訴訟和行政賠償，並對本系統提供相關政策指導；負責稅務處罰案件的統計分析；負責編輯發行法律法規匯編和稅收法律法規公告，更新維護法律法規數據庫；負責法律培訓；負責調查研究，指導和協調本系統開展稅收理論研究工作。
收藏管理科
負責全市地方稅收的綜合征收管理；負責制定相應的規章制度，並負責解釋和監督實施；負責組織實施全市地方稅收征管改革；負責全市地方稅務登記和納稅申報管理；負責建賬和核定應納稅款的管理；負責代扣代繳、代收代繳稅款的綜合管理，制定具體實施辦法，並對實施中的問題進行解釋和處理；負責地方稅務的稅務代理和群眾稅務的管理協調和稅收保護；負責全市地稅系統稅收征管質量考核。
審計管理科
負責制定全市地方稅務稽查規章制度和工作程序，並監督實施；負責指導和監督地方稅務檢查；負責組織實施地方稅收和社會保險費專項檢查、專項稽查和稽查案件的審查；負責受理全市涉稅案件的舉報、部門移送和上級交辦的案件；負責組織協調全市及跨市、跨縣區重大涉稅違法案件的查處工作；負責協調與公安、國稅等相關部門的合作和制度建設；負責建立和管理稅務稽查人才庫；負責審計信息的收集、整理、匯編和上報；負責涉外稅務審計管理。
稅源管理科
處理和整理轄區內的稅收數據，為上級部門提供準確有效的數據信息，為領導決策和相關業務部門的工作提供數據支持。具體負責稅源管理和納稅評估；負責處理和整理與稅源管理和納稅評估相關的數據和信息；負責糾正收集和管理系統中的錯誤數據；負責確保收集和管理系統輸入數據的準確性和可用性；負責發現征管系統的異常數據信息，並向相關業務部門和上級主管部門反饋；負責匯總各業務部門在開展地方稅收工作過程中對稅收數據和信息的需求，並上報；負責為領導決策提供數據支持。
流轉稅管理組
負責營業稅、煙草稅、文化建設費、河道維護費的征收管理，稅(費)政研究和稅(費)源管理；負責制定分管稅(費)的具體征收管理辦法；負責解釋和處理有關法律、法規和規章實施中的壹般性問題；負責國際稅收協定的履行、反避稅、國際稅收信息交換以及非貿易項下和部分資本項目下售付匯稅務憑證的提交；負責辦理減免稅(費)等具體涉稅審批事項；負責稅務信息的調查；辦理與主管稅(費)有關的其他事宜。
所得稅管理科
負責企業所得稅和個人所得稅的征收管理、稅收征管研究和稅源管理；負責制定具體的征收管理辦法；負責解釋和處理有關法律、法規和規章實施中的壹般性問題；負責辦理減免稅審批的具體事項，以及涉及稅種的其他事項。
財產和行為稅管理科
負責房產稅、城市房產稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅、土地增值稅、資源稅、印花稅、契稅、耕地占用稅、城市維護建設稅、教育費附加和地方教育費附加的管理；負責轉發上級下發的稅收法規和規範性文件，在省地稅局授權範圍內制定稅收規範性文件；負責對各征收局稅務文書的執行情況進行監督檢查；負責稅費行政審批管理；負責指導和調查稅務局的稅收政策、稅收征管和收入組織；負責委托征收稅款；負責協調相關部門開展綜合治稅工作；負責向省局和市局領導匯報稅收政策和征收管理中存在的問題，提出處理意見；負責分管稅費的稅源管理和納稅評估；負責協助房地產稅整合，特別關註車船稅和地稅整合，開展相關稅費政策、征管研究，撰寫研究報告；負責審理各稅局上報的案件；負責稅收收入的執行，分析收入工作中存在的問題，提出整改意見並上報有關領導；負責調研測算需要改革的稅費，撰寫調研報告。
社會保險費征收管理科
負責編制全市社會保險費(包括殘疾人就業保障金、工會經費和其他由社保部門管理的費用，下同)、征繳工作計劃、中長期規劃並監督實施；負責全市社會保險費的征收管理，組織制定和起草社會保險費規範性文件；負責與相關部門的溝通協調，做好相關社會保險費征繳文件的會簽工作；負責全市社會保險費收入的調度、統計、匯總和分析，起草全市社會保險費收入公報，編制年度征繳計劃；負責社會保險費用來源的管理和監控，包括費用來源報表的統計、匯總和分析，以及收入統計的編制；負責社會保險費延期繳納的審批管理；負責協助相關部門做好全市社會保險費目標管理的考核工作；負責全市社會保險費征收管理的業務指導、培訓和政策解讀；負責社會保險費征繳管理軟件的測試、咨詢和培訓；負責傳達貫徹上級的精神和工作要求，向上級匯報和反映有關工作情況和工作建議。
納稅服務科
負責落實省局關於納稅服務的各項規定；負責全市地稅系統納稅服務的綜合協調；負責制定全市地稅系統納稅服務規範和標準，指導本系統納稅服務工作；負責市局地稅網站的建設和管理；負責“12366”納稅服務熱線的管理；負責稅務咨詢和納稅輔導的協調工作；負責受理有關納稅服務的投訴和舉報；負責組織實施納稅服務調查研究；負責上級交辦的其他工作。
人事科
根據有關法律、法規和規章，根據上級指示精神，結合地稅系統實際，負責制定全市地稅系統的幹部人事制度和辦法；按照幹部管理權限負責全市地稅系統人事、勞動工資和機構編制管理，承擔市局機關和直屬單位人事、勞動工資和機構編制的具體管理工作；按照幹部管理權限負責開展各級領導班子和後備幹部隊伍建設，承擔基層地稅局領導班子、本級幹部和基層局後備幹部的管理工作；負責市局機關和直屬單位退休人員的服務和管理工作。
教育科
拓寬工作渠道，做好新形勢下的思想政治工作，著力弘揚先進典型，開展“創先爭優”活動，加強精神文明創建活動，實施人才強稅工程，抓好教育培訓，鞏固提高“兩基”建設成果，促進“兩基”建設推進，實現常態化管理，穩步推進組織績效考核，高舉“文化興稅”大旗
黨委
認真宣傳和貫徹黨的路線、方針、政策，保證對上級黨組織的決議、決定在機關的執行情況進行監督；加強地稅機關黨的思想建設、組織建設和作風建設，發揮黨支部的戰鬥堡壘作用和黨員先鋒模範作用；搞好地稅機關幹部職工的政治理論學習，努力提高機關幹部的思想政治素質和勤政廉政能力；加強基層局黨支部建設，不斷探索新的組織生活方法和形式，負責黨員組織關系、機關黨委黨支部、黨費收繳；負責地稅系統黨員發展工作，加強對入黨積極分子的教育、培訓和考察，審定新黨員並報市政府工委組織部；加強黨員教育和管理，搞好黨員民主評議；完成上級黨委和黨組交辦的其他工作。
監督科
負責監督檢查駐地各部門及其所屬系統執行黨的路線、方針、政策和決議，遵守國家法律法規，執行政府決定、命令和稅收計劃；負責監督檢查派駐部門黨組和行政領導班子及其成員維護黨的政治紀律、執行民主集中制、選拔任用領導幹部、落實黨風廉政建設和勤政工作責任制的情況；負責協助駐在部門黨組和行政領導班子組織領導駐在部門及所屬系統的黨風廉政建設和反腐敗工作。組織傳達貫徹上級紀委、省局黨組關於反腐敗鬥爭和廉政建設的方針、政策和決議，結合實際作出工作部署，承擔全市地稅系統反腐倡廉和糾正行業不正之風的日常工作；負責協助駐在部門黨組、行政領導班子組織領導駐在部門及下屬系統紀檢監察工作，檢查指導市局紀委及分支機構紀檢監察工作；負責對本部門黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀行為的初步核實；參與查處本部門黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的案件；組織查處駐部黨員幹部和行政監察對象違反黨紀的案件和其他重要案件；負責受理對本部門黨組織、黨員和行政監察對象的舉報和投訴，受理對本部門黨員和行政監察對象違紀行為的投訴；維護黨員幹部和監督對象的合法權利，保障其依法行使職權；負責對市局擬提拔的科級幹部、系統級幹部提出廉政建設意見；負責對全市地稅系統紀檢監察機構的設置和各分支機構紀檢組長、人事監察科(股)長的任免提出建議；有計劃地組織全市地稅系統專職紀檢監察幹部開展業務培訓；表彰和獎勵在紀檢監察和反腐敗鬥爭中做出貢獻的單位或者個人；負責承辦省局、市紀委、市監察局、市地稅局交辦的其他工作。
信息中心
制定並實施總體信息化規劃和網絡與計算機管理規章制度；登記、維護和管理全球計算機軟件和硬件；負責全球網絡安全、全球計算機技術維護、培訓、采購和保護；負責系統內所有軟件系統的聯網和技術指導；指導和協助各部門、各縣(區)局完成信息化工作；負責市局交辦的其他工作。
發票管理辦公室
負責制定全市地稅系統發票管理辦法、規章制度，並組織實施；負責全市地稅系統發票的印制計劃管理、倉庫管理、發售管理、繳銷管理和成本管理；負責發票系統的維護；根據授權負責組織全市發票檢查，組織協調打擊制售和使用假發票工作；負責全市地稅系統統壹發票的設計並組織發票換版；負責組織全市地稅系統發票定點印刷廠的審批和管理；配合相關部門進行票稅管理；組織全市地稅系統發票管理人員的業務培訓；負責市局交辦的其他工作。
阜新國際稅收研究所
聯系和組織各界熱心國際稅收研究的人士，開展國際稅收學術和理論研究；國際稅收趨勢及其發展趨勢研究；各國稅收政策、原則、制度和管理研究；國家、地區和國際經濟組織間稅收關系研究：區域稅收協調及其發展前景研究：國際經濟活動中運用稅收維護國家利益的對策研究：根據國際、國內和阜新市的政治經濟發展，特別是財政稅收的發展，結合建立和逐步完善社會主義市場經濟體制過程中出現的新情況、新問題，組織專題研究，並及時向決策部門和有關單位推薦研究成果；宣傳中國的稅收制度和涉外稅收政策。介紹國外稅收動態，促進國際稅收協調與合作，服務國際經濟交流發展；組織多種形式的稅收學術和實務交流，有計劃地與國外經濟、財政、稅收研究機構及其他相關國際組織和非政府組織建立聯系，廣泛開展國際交流活動；開展與稅收相關的社會服務。接受稅務機關、有關部門、企業、個人和外方的委托，承擔國際稅收問題的調查研究、稅務咨詢、納稅服務、人員培訓、學習考察、政策法規論證、財務管理等工作；收集國際稅收信息，進行編輯和交流，提供國際經濟和稅收信息，編輯與國際稅收有關的刊物和書刊；承辦遼寧省國際稅收研究會、阜新市地方稅務局、阜新市國家稅務局交辦的其他稅務調查事項；組織評估國際稅收學術研究成果並給予獎勵。