不同的收藏目的
高新技術企業認定時，收取R&D費用的目的是計算R&D費用占銷售收入的比例是否符合要求，這是申請時的必要條件；在加計扣除政策中，R&D費用的收取是為了在計算應納稅所得稅時加計和扣除其金額的50%。
不同的收集要求
高新技術企業R&D費用在認定或報送備案時，需提交《企業年度R&D費用結構表》等相關材料；但加計扣除的R&D費用需要在享受加計扣除優惠待遇時辦理備案手續，填寫《可加計扣除R&D費用征收表》等相關材料。
不同的收藏口徑
雖然都是在同壹個研發過程中發生的費用，但是八大費用的具體歸集口徑是不同的。壹般來說，高科確認的R&D費用口徑大於加計扣除的R&D費用口徑，兩者的差異主要體現在:
(1)人員勞動。此外，扣除項目僅包括R&D人員的工資、薪金、獎金、津貼和補貼。除上述內容外，高新認定還包括R&D人員的基本社會保險費、公積金補貼、外聘R&D人員的勞務費等其他相關費用。在R&D的費用。
(2)直接投資。抵扣中的直接投入包括材料、燃料和動力成本，以及專門用於中間試驗和產品試制的模具和工藝設備的開發制造費用。除上述內容外，高新認定還包括試制產品的檢驗費和用於研發活動的儀器設備的簡易維修費。
(3)折舊費和長期待攤費用。增加的扣除僅包括專門用於R&D活動的儀器設備的折舊費或租賃費。高新鑒定還包括R&D在用房屋的折舊和R&D重建修繕的長期待攤費用。
(四)委托外部研究開發費用。高新技術認定中規定的R&D費用第七項為“委托外部研發費用”，但不包含在附加扣除的規定中。兩種方法對委托外部研發費用的處理是不同的。前者要求委托外部研發費用的80%計入R&D總費用。後者要求委托開發的R&D項目由委托方按規定計入R&D費用，沒有比例要求，要求委托方在收款時提供相應的費用明細表。
(5)其他費用。由於高新技術產品認定采用不完全枚舉法，扣除采用正枚舉法，扣除政策中未列舉的項目不允許納入扣除範圍。高新鑒定中的R&D費用還包括R&D活動發生的其他費用，如辦公費、通訊費、專利申請和維持費、高新R&D保險費等。(高)據