專項扣除超時填報也可以補扣。扣繳義務人根據員工提交的專項附加扣除信息，按月計算應預扣預繳的稅款，向稅務機關辦理全員全額納稅申報。如果員工未能及時報送，也可在以後月份補報，由扣繳義務人在當年剩余月份發放工資時補扣，不影響員工享受專項附加扣除。根據我國法律相關規定，居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。
法律依據
《中華人民***和國個人所得稅法》第十壹條 居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅;有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款;需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規定予以扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。
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