5438年6月+2000年10月，九州通藥業集團第壹家經營性子公司湖北九州通藥業有限公司正式成立。
2003年底，九州通集團有限公司正式成立，開始建立規範的法人治理結構和完善的組織架構。其戰略定位是:以醫藥流通(批發)為主業，以醫藥物流、電子商務、零售連鎖為主要經營模式，為上下遊客戶提供差異化服務；
2007年8月成功引進外資6000萬美元，成為中外合資企業。
2008年6月，九州通醫藥集團投資654.38+0.6億元在京建設現代醫藥物流中心，這標誌著九州通成為中國大陸唯壹具備獨立整合物流規劃、物流實施、系統集成能力的大型醫藥物流企業。該中心藥品倉儲量40萬箱，日均吞吐量654.38+0.5萬箱，峰值吞吐量2.5萬箱。營銷網絡覆蓋北京及周邊地區，訂單發貨時間控制在24小時內，送藥差錯率控制在萬分之壹以內。
2008年6月28日，九州通集團有限公司正式變更為九州通醫藥集團有限公司。
2010 11.2在上交所上市。
九州通藥業集團擁有完善的品種結構和豐富的客戶資源，產品規格超過14000個，上遊供應商近5600家，下遊客戶7.09萬家，獲得了240余種藥品的全國或區域總經銷和總代理資格。至此，九州通醫藥集團在21個省會城市設立了21個省級子公司(大型醫藥物流中心)，在27個地級市設立了27個地級公司(區域性醫藥物流配送中心)和近400個終端配送點，形成了覆蓋全國大部分縣級行政區域的物流配送網絡。
為了打造企業的核心競爭力，九州通秉承“技術讓服務更好”的理念，致力於現代物流技術的引進、吸收和自主創新。目前，九州通是國內唯壹具備獨立整合物流規劃、物流實施、系統集成能力的醫藥物流企業。其物流和信息技術處於國內壹流地位，世界領先地位。是國內醫藥行業唯壹獲得“中國物流改革開放30年”稱號的企業。