跨境電商政策經常調整，缺少及時應對方案。跨境電商從4.8新政以來，多次延期、變更或出臺稅收政策，拐點是2019年的《電商法》頒布實施，行業趨向規範化，但隨著政策的調整，也暗藏著許多不確定性，初創期跨境進口商家，往往缺少應對方案。
困境二：三單對碰，對接困難對接海關三單環節復雜、周期長、多系統對接聯調難。跨境電商零售進口，需要陽光清關，會涉及到三單核驗，需要商家的電商平臺，能對接海關系統、保稅倉系統、支付系統，分別推送訂單、運單和支付單，並且要滿足179公告，實時對接海關開放原始支付數據。這壹整個流程，對於初創企業非常復雜，從流程梳理到對接工期都較長。
困境三：系統難選，管理復雜跨境電商系統魚龍混雜，選型困難、管理復雜。跨境電商涉及到線上商城、OMS系統、分銷系統、門店POS、後端ERP的使用，如果不是成熟度較高、穩定的系統，很難滿足經營所需。隨著跨境試點城市新增至59個，對系統的開放性、對接能力要求更強。
困境四：渠道單壹，銷售受阻銷售渠道少，線上線下未融合打通，智能化低。跨境電商初創期，大部分都是創業企業，或傳統供應鏈B2B轉B2C，要求直面C端，或小B。所以對銷售渠道的拓展及管理至關重要，核心還是圍繞制定利益分成制度，通過利益規則，去搭建線上銷售渠道、線下合作店，形成全渠道閉環融合，打通商品、會員、庫存、交易、訂單、服務、配送等環節。