根據上述職責，省中小企業廳設9個內設機構：
（壹）辦公室（離退休幹部處）。
負責協調廳機關日常工作；負責綜合、文秘、信息、督察、保密、會務、檔案、財務、信訪、後勤和保衛工作；負責廳機關和直屬事業單位人事、勞資工作；負責機關離退休幹部的管理和服務工作。
（二）政策法規處。
貫徹落實國家和省有關中小企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟的法律法規和方針政策；構建全省中小企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟政策支持體系；組織和參與起草有關促進全省中小企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟發展的地方性法規、規章和政策措施。
（三）發展規劃處。
擬訂全省中小企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟中長期發展規劃；負責中小企業發展專項資金的年度支持方向、支持重點以及項目的組織申報工作，會同有關部門對項目進行審定，並對項目實施進行監督檢查；編制中小企業社會化服務體系建設規劃；指導全省小企業創辦工作；推進創業輔導基地建設，構建中小企業創業輔導（孵化）體系；組織引導創業輔導機構為創業者提供創業服務。
（四）運行監測處。
承擔全省中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟運行狀況的監測工作，擬訂經濟運行分析報告，協調解決經濟運行中存在的突出問題。
（五）科技創新處。
指導和推進全省中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟的科技進步和信息化建設工作，構建中小微企業技術創新和信息服務體系，協調中小微企業信息服務機構為企業提供信息服務，指導全省中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟質量管理、品牌創建、知識產權保護工作。
（六）融資服務處。
指導全省中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟的融資工作，提出促進中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟發展的金融扶持政策建議，會同有關部門管理使用中小企業信用擔保風險補償專項資金，推進中小微企業信用擔保體系建設，引導金融機構、擔保機構為中小微企業提供融資和擔保服務，推動金融機構與信用擔保機構的合作，配合有關部門協調中小微企業上市、發債、租賃等多渠道融資工作。
（七）創業指導處。
推進中小微企業創業輔導孵化基地建設，構建創業輔導孵化體系，組織引導創業輔導機構為創業者提供創業服務，指導全省中小微企業創辦工作。
（八）權益保護處。
指導協調全省中小微企業合法權益保護工作，擬訂並組織實施相關工作制度，推動中小微企業合法權益保護體系建設，協調受理中小微企業舉報、投訴，提供相關法律及政策咨詢服務，開展對中小微企業的法律服務，配合有關部門開展減輕企業負擔工作。
（九）經濟合作處。
指導和推動全省中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟的區域經濟合作和對外開放工作，編制和組織實施中小微企業產業集群發展規劃，促進中小微企業與大型企業的協作配套，指導和推動中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟與國外企業的合資合作、產品出口工作，構建經貿合作服務體系，幫助中小微企業開拓國際市場。配合有關部門做好中小微企業、鄉鎮企業、民營經濟和城鎮集體經濟節能減排、安全生產、環境保護、職業衛生工作。
機關黨委
負責機關和直屬單位的黨群工作。負責機關和直屬單位機構編制、人事管理、信訪工作。