(1)機構設置和人員配備上。根據內控制度的原理和現代企業制度的要求，不相容職務應當分離，建立分工明確、職責分明，既密切配合，又相互制約的內控機制。但很多中小企業沒有充分認識到這點，在授權批準、業務經辦、財產保管、會計記錄等環節上有分工不明、相互脫節和失控現象，甚至有會計兼出納，出納兼稽核的情況；有的中小企業沒有內審機構或雖有機構卻附屬於其它職能部門。這種經濟業務由壹人承辦又缺乏制約的情況，不僅不利於經濟業務正常開展，而且容易產生舞弊行為。
(2)會計核算上。中小企業大多數由於在業務上發展迅速，使企業老板經理更多地關註於業務的拓展和銷售業績好壞，而忽略了對企業內部自身管理的完善和提高，特別在會計控制上投入不足，沒有制定統壹會計規範，會計基礎工作薄弱，會計行為不規範，會計信息嚴重失真。如貨幣資金支付、應收應付賬款管理等環節，在審批、復核、支付和賬務處理上，紕漏百出；憑證和記錄的控制不規範，如憑證編號編寫不規範、記錄核對無索引等。
(3)財物管理上。中小企業大多為了節約人力成本，讓壹個員工身兼數職，造成分工不明，職責不清。企業財物管理很混亂。物資的采購、驗收、入庫、保管各個環節缺乏監控，錯弊叢生，有的單位財產長期不進行清點。財產不實，賬實不符，特別是閑置資產風吹雨淋。無人問津。
(4)往來賬款上。供銷業務及其貸款的結算，是企業經濟活動的重要組成部分，也是最容易出現紕漏的薄弱環節。中小企業在采購、審批、簽約、采購、驗收及結算等環節上，缺乏協調和監控，壹些不良或違規行為頻頻發生。
(5)財務部門設置簡單，缺少必要的監督，權限設定不清。中小企業大多只有壹個會計和壹個出納，資金領用和支取的授權上，缺乏崗位之間的必要監督，壹旦出現問題，不容易迅速找到責任人；銷售問題上，只管為了擴大銷售額，而進行大量的賒銷，而在應收賬款的催收上，沒有明確責任權限，往往作為財務人員的任務，容易形成銷售與收款脫節，造成企業資金運轉困難；在閑置資金的運用上，沒有專門的人員進行投資分析，造成資金的機會成本加大。
(6)對員工缺少必要的獎懲制度和科學的業績評價。缺乏必要的激勵措施，就不能充分調動員工的積極性、主動性和創造性，比如財務人員經過科學合理的分析之後，使得公司投資有了很大的收益，公司若不能就相關人員進行適當的獎勵，會在壹定程度上打消員工的積極性，甚至可能使得壹些財務人員非法占用企業資金為自己謀利益；缺少科學的業績評價，就不容易作出合理公平的獎勵措施。
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解決方案：
1和2、人員配置上和核算上可以分攤責任，由於中小企業通常不舍得增加人力成本，那麽在不增加人力成本的基礎上可以分攤責任，已達到互相牽制的目的，例如庫管可以順便管理會計檔案；出納的工作除了貨幣資金類和其他專業性強的工作，其他的基礎工作可以分攤給各個業務人員完成（培訓業務員壹些基礎的票據知識什麽的，減少無效原始憑證，進而減少了財務人員的工作量）；稽查崗可以安排統壹時間，增加見證人的形式進行，避免動手腳。財務上專業性不強的，都可以分配給其他崗位的人員進行完成（實際上，單位也經常這麽幹...我以前的單位就是這樣：業務員整理自己的費用、誰家距離銀行近就讓他早晨9點到銀行然後上午把銀行的單子送過來、庫管的地盤裏不僅僅是存貨什麽東西都有、核算的時候給辦公室的人壹人壹張表，按著表上的項目查驗就行了，表上有查驗項目和方法，然後簽字）
3、財物管理上，每次采購都要登記，建立事項登記簿，嚴格管控日期、物品、數量等方面。（這個事壹般都是領導管，先寫需求申請表，然後通過了領導簽字，再去拿東西；總之管控重點就是登記表、簽字，登記表掛在明面上，誰都能看見的地方，公眾視線內避免作弊）
4、往來賬方面，會計電算化都有往來賬管理模塊，只要相關人員按時更新即可。
5、財務部門的問題是通病，但是通過登記表依然可以解決部分問題，畢竟有簽字呢；銷售上的賒銷是業務員的事，和獎金掛鉤即可，另外賒銷了也就是財務未閉環，那麽公司也不會計算提成的，只有這項經濟業務完全結束，提成才會發放。
6、定期盤點由部門領導開盤點大會，這個盤點不僅僅是存貨，還有貨幣資金的對賬、往來情況分析等，涵蓋了財務和業務人員的日常工作事項，在盤點大會上就可以說明誰因為什麽而受到某種獎勵，增加員工的工作積極性，打消他們的不法思想。比如說每周五下午必須參會，特殊事由需提前申請，否則按曠工半天處理等處罰。