到目前為止，微軟的SQLServer數據庫只支持微軟的操作系統。DB2數據庫不僅支持Windows操作系統，還支持Linux等開源操作系統。換句話說，DB2具有良好的跨平臺性能。現在很多企業都使用Linux或者Unix操作系統作為數據庫服務器。這主要是因為Linux或Unix操作系統在安全性和穩定性上略優於Windows操作系統。所以從這個角度來說，DB2數據庫比SQLServer數據庫應用更廣泛。
第二，安全性的差異。
對於數據庫，尤其是互聯網用戶開發的數據庫，安全性壹直是影響數據庫選擇的主要因素。在這個安全性上，SQLServer數據庫和DB2數據庫有很大的區別。據我所知，SQLServer數據庫至今沒有獲得任何國際認可的安全證書。對於DB2數據庫，獲得了全球最高級別的ISO認證。雖然證書不能說明問題，但至少說明DB2數據庫的安全性也是有保障的。微軟缺乏對SQLServer數據庫的安全投入，使其無法適應互聯網安全的威脅。為此，這也使得SQLServer數據庫少了很多訂單。
第三，數據處理的差異。
SQLServer數據庫和DB2數據庫在數據處理能力上也有很大的差異。雖然SQLServer數據庫支持多用戶，但在大量並發訪問的情況下，其性能會顯著下降。可以說DB2數據庫專門處理大量的並發訪問。在數據處理上，如果並發發布訪問很少或者數據量不是很大，DB2數據庫相對於SQLServer數據庫不會有很大的優勢。甚至可能是SQLServer數據庫的性能更好。但是如果涉及到海量數據處理，比如數據倉庫或者企業應用，DB2數據庫的性能會遠遠超過SQLServer數據庫。從這個角度來說，DB2數據庫適合壹些企業級的應用，而SQLServer數據庫由於價格相對便宜，維護相對簡單，更適合中小型企業。
第四，投資成本差異。
企業在部署數據庫應用時，主要有三方面的成本，即硬件投入、數據庫授權和人員支出。兩個數據庫在硬件投入上沒有太大區別。然而，數據庫的授權成本和人員的支出之間有很大的差異。從數據庫授權成本來看，DB2數據庫比SQLServer數據庫高很多。從人員支出的角度來看，企業招聘壹名DB2數據庫管理員比招聘壹名SQLServer數據庫管理員要貴得多。這主要是因為DB2數據庫管理員很少，他們經常需要同時維護多個分支的應用。所以DB2 database administrator的價格比SQLServer貴好幾倍。所以從整體成本來看，企業部署DB2數據庫比采用SQLServer數據庫要貴得多。
可見DB2和SQLServer數據庫各有優缺點。企業需要權衡自己的規模、安全考慮、性能需求和可接受的成本，才能選擇合適的數據庫系統。