前款所稱農用地土壤汙染防治相關活動，是指土壤汙染防治、土壤汙染調查、環境監測、環境質量分級和分類管理等活動。
本辦法所稱農用地土壤環境質量分級和分類管理主要適用於耕地。園地、草地和林地可參照本辦法執行。第三條環境保護部對全國農用地土壤環境保護實施統壹監督管理。縣級以上地方環境保護部門對本行政區域內與農用地土壤汙染防治有關的活動實施統壹監督管理。
農業部對全國農地土壤的安全使用、嚴格控制、治理和修復進行監督管理；縣級以上地方農業主管部門負責本行政區域內農用地土壤安全利用、嚴格控制、管理和修復的組織實施。
農用地土壤汙染防治、土壤汙染調查、環境監測、環境質量分類、農用地土壤優先保護、監督管理等。，由縣級以上環境保護和農業主管部門按照本辦法的有關規定組織實施。第四條環境保護部會同農業部制定農用地土壤汙染狀況調查、環境監測和環境質量分級等技術規範。
農業部會同環境保護部制定農用地土壤安全利用技術規範，嚴格控制、治理和修復，並對治理和修復效果進行評估。第五條縣級以上地方環境保護和農業主管部門在編制本行政區域環境保護規劃和農業發展規劃時，應當將農用地土壤汙染防治納入規劃。第六條環境保護部會同農業部等部門組織建立全國農用地土壤環境管理信息系統(以下簡稱農用地環境信息系統)，實行信息共享。
縣級以上地方環保部門和農業部門應當按照國家有關規定，組織本行政區域內農用地環境信息系統的建設和應用，加強農用地土壤環境信息統計工作，完善農用地土壤環境信息檔案，定期上傳農用地環境信息系統，實行信息共享。第七條接受委托從事農用地土壤汙染防治相關活動的專業機構和接受委托評估治理與修復效果的第三方機構，應當遵守相關環境保護標準和技術規範，並對其出具的技術文件的真實性、準確性和完整性負責。
受托管理和修復的專業機構應當遵守國家有關環境保護標準和技術規範，在合同約定的範圍內開展工作，並對管理和修復活動及其效果負責。
受托管理和修復的專業機構在管理和修復活動中弄虛作假，對環境汙染和生態破壞負有責任的，應當依照有關法律、法規的規定，與其他負有環境汙染和生態破壞責任的人員承擔連帶責任。第二章土壤汙染防治第八條排放汙染物的企業事業單位和其他生產經營者，應當采取有效措施，保證廢水、廢氣的排放和固體廢物的處理、處置符合國家有關規定的要求，防止周圍農用地的土壤汙染。
從事貯存、運輸、處置固體廢物和化學品的企業，應當采取措施，防止固體廢物和化學品的泄漏、泄露、遺撒和散落汙染農用地。第九條縣級以上地方環境保護部門應當加強對企業事業單位和其他生產經營者的監管，將土壤汙染防治作為環境執法的重要內容。
設區的市級以上地方環保部門應當根據本行政區域內工礦企業分布和汙染排放情況，確定土壤環境重點監管企業名單，上傳農用地環境信息系統，實行動態更新，並向社會公布。第十條從事規模化畜禽養殖和農產品加工的單位和個人，應當按照相關規範的要求，確定廢棄物的無害化處理方式和處置場所。
縣級以上地方環保部門和農業部門應當按照法定職責加強畜禽養殖汙染防治，指導畜禽養殖廢棄物綜合利用，防止畜禽養殖活動汙染農用地土壤環境。第十壹條縣級以上地方農業主管部門應當加強農用地土壤汙染防治知識的宣傳，提高農業生產者保護農用地土壤環境的意識，引導農業生產者合理使用化肥、農藥、獸藥、農膜等農業投入品。根據科學的測土配方合理施肥，鼓勵采用種養結合、輪作等良好的農業生產措施。