1、下載個人所得稅申報客戶端，登陸到個人所得稅申報平臺；
2、手動添加需要申報的人員信息；
3、填寫扣繳所得稅報告表，在扣繳所得稅報告表明細填寫員工工資收入，五險壹金金額等信息；
4、上傳申報文件，進行申報；
5、申報成功後，下載反饋文件並導入個稅客戶端以完成申報業務。
個人所得稅的計算方式：
1、確定納稅人的收入類別：個人所得稅根據收入的不同類別有不同的稅率和計算方法；
2、計算應納稅所得額：通常是將收入總額減去各項法定的扣除項目，如基本扣除、專項扣除等；
3、適用稅率和速算扣除數：根據應納稅所得額確定適用的稅率和速算扣除數；
4、計算應納稅額：應納稅所得額乘以適用稅率，再減去速算扣除數，得出應納稅額；
5、扣除已預繳稅額：如果有預繳稅額，需從應納稅額中扣除，得出應補（退）稅額。
綜上所述，企業個人所得稅申報操作流程包括下載申報客戶端、添加人員信息、填寫扣繳所得稅報告表、上傳申報文件、下載反饋文件並導入個稅客戶端。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第十五條
企業，企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶和從事生產、經營的事業單位（以下統稱從事生產、經營的納稅人）自領取營業執照之日起三十日內，持有關證件，向稅務機關申報辦理稅務登記。稅務機關應當於收到申報的當日辦理登記並發給稅務登記證件。工商行政管理機關應當將辦理登記註冊、核發營業執照的情況，定期向稅務機關通報。本條第壹款規定以外的納稅人辦理稅務登記和扣繳義務人辦理扣繳稅款登記的範圍和辦法，由規定。