企業合同管理審計過程中不可避免也存著以下方面的問題，為提高合同管理審計的效率應其予以重視。
(壹)靈活運用合同管理審計模式，提供審計重點內容項目管理式審計和過程參與式審計，雖然在審計內容和方法上各有不同，但並不相互排斥，兩者可以根據需要配合使用。大、中型規模的企業，合同數量相對較多，經營管理機構比較分散，對所有合同進行審計審簽，可能存在壹定的難度，不利於效率的提高，所以較宜采用項目管理式；小規模企業的合同數量相對較少，經營管理機構相對集中，宜采用過程參與式。日常工作中對合同的審計審簽，主要是對合同的產生過程的合規性和合同文本的合法性、完整性以及所反映經濟活動的效益性等的審查。而項目管理式審計是對合同管理的各個所涉環節進行的全面審計，既包括合同執行情況的審計，也包括合同臺賬建設，合同管理人員素質，合同管理制度建設和執行情況，合同檔案管理情況等的審計。日常工作中對合同的審計審簽具有很強的預防性、控制性，項目管理式審計具有全面性、建設性的特點；項目管理式審計內容中也含有對合同審計審簽制度執行情況的審計，合同審計審簽工作也為項目管理式審計積累了壹定的基礎，提供了審計重點內容。
(二)統壹手續規範與效率，提高審計人員素質應註意科學劃分企業合同管理部門、法律事務部門、審計部門之間合同審查的權限或職責，既要防止相互依賴，又要防止重復審查。對合同管理進行審計，要求審計人員不僅要熟練掌握《合同法》，還要充分了解企業的生產、經營的特點及管理知識，確保合同能看得懂，能發現問題，能提出審計意見和建議。審計人員應參與重大合同產生的全部或部分重要過程。例如，市場調研、招投標、競爭性談判等，對其中不合理行為，應及時提出改進意見，以確保實現簽訂重大合同的預期目標。