公司經營異常的處理方式如下：
1、沒有按時年報的企業，補報年度報告並對外公示後方可申請移出；
2、沒有按時公示即時信息的企業，公示相關信息後方可申請移出；
3、住所失效的，企業通過登記的住所重新取得了聯系，或辦理住所變更登記後重新取得了聯系，就能申請移出；
申請移出經營異常名錄需要提交的材料：
1、企業申請移出經營異常名錄的報告；
2、法定代表人身份復印件，公司委托書（介紹信）及受托人身份證原件和復印件；
3、加蓋公司公章的營業執照復印件。
法律依據：《企業經營異常名錄管理暫行辦法》第四條
縣級以上工商行政管理部門應當將有下列情形之壹的企業列入經營異常名錄：
（壹）未按照《企業信息公示暫行條例》第八條規定的期限公示年度報告的；
（二）未在工商行政管理部門依照《企業信息公示暫行條例》第十條規定責令的期限內公示有關企業信息的；
（三）公示企業信息隱瞞真實情況、弄虛作假的；
（四）通過登記的住所或者經營場所無法聯系的。
第十六條
企業對被列入經營異常名錄有異議的，可以自公示之日起30日內向作出決定的工商行政管理部門提出書面申請並提交相關證明材料，工商行政管理部門應當在5個工作日內決定是否受理。予以受理的，應當在20個工作日內核實，並將核實結果書面告知申請人；不予受理的，將不予受理的理由書面告知申請人。