企業應按照《中華人民共和國企業所得稅法》、《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》、 及《中華人民共和國國家稅務總局關於印發<企業所得稅匯算清繳管理辦法>的通知》(國稅發〔2009〕79號)、《中華人民共和國國家稅務總局關於<中華人民共和國企業所得稅年度納稅申報表>的補充通知》(國〔2008〕1081號)等相關規定， 結合主管稅務機關對年度納稅申報的具體要求，正確計算應納稅所得額和應納所得稅額，如實、正確填報年度企業所得稅申報表及其附表，完整、及時報送相關資料，並對納稅申報的真實性、準確性和完整性承擔法律責任。
二、享受稅收優惠企業應註意的事項
(壹)對列入審批或預先備案的稅收優惠項目，企業應按照《北京市國家稅務局關於進壹步加強企業所得稅減免稅管理的通知》(京國稅發〔2009〕47號)的規定，在匯算清繳期內辦理減免稅手續。未按規定辦理減免稅手續的，不得享受稅收優惠待遇。
(2)符合小型微利企業條件的企業，符合條件的居民企業中的債務利息收入、股息、紅利等股權投資收入，以及其他免稅收入，納入事後報送相關資料的稅收優惠項目。根據《北京市國家稅務局關於轉發〈中華人民共和國國家稅務總局關於企業所得稅優惠管理問題的補充通知〉的通知》(京國稅發〔2009〕307號)，企業在進行年度申報時應附相關資料。
(3)享受2009年高新技術企業稅收優惠的企業，應按照《中華人民共和國國家稅務總局關於高新技術企業所得稅優惠實施有關問題的通知》(國稅函〔2009〕203號)的規定提交相關材料。
(四)企業在享受下崗再就業減免稅政策期間，應附再就業優惠證、吸納下崗失業人員企業認定證明和持《北京市國家稅務局、北京市地方稅務局、北京市人力資源和社會保障局關於下崗再就業減免稅管理有關問題的通知》(194號)的證明
三、企業資產損失應註意的事項
(壹)企業發生的資產損失分為自行計算扣除的資產損失和經稅務機關批準後才能扣除的資產損失。
根據《中華人民共和國國家稅務總局關於印發按通知》(國稅發〔2009〕88號，以下簡稱國稅發〔2009〕88號)第五條規定，企業實際發生的資產損失可分為自行計算扣除的資產損失和經稅務機關批準後方可扣除的資產損失。
1.自己算算扣除資產損失的範圍。
下列資產損失由企業自行計算扣除:
(1)企業正常經營管理活動中固定資產、生產性生物資產、存貨的出售、轉讓、變賣造成的資產損失；
(2)企業各種存貨的正常損耗；
(三)企業達到或超過使用壽命並正常報廢清理的固定資產損失；
(四)企業生產性生物資產達到或超過使用壽命時正常死亡造成的資產損失；
(五)企業按照有關規定通過證券交易所和銀行間市場買賣債券、股票、基金及其金融衍生產品發生的損失；
(六)未經稅務機關批準，經國家稅務總局確認的其他資產損失。
2.經稅務機關批準後才能扣除的資產損失。
1)上述自行計算扣除資產損失以外的資產損失，屬於經稅務機關批準後才能扣除的資產損失。
(二)無法準確認定企業發生的資產損失是否自行計算扣除的，可向稅務機關申請審批。
(2)企業自行計提資產損失應註意的事項。
1.企業自行抵扣的資產損失在申報表中的填報要求
根據企業所得稅年度納稅申報表的填報要求，附表三“納稅調整項目清單”第42行“財產損失”項目反映企業除長期股權投資損失以外的資產損失。因此，除長期股權投資損失由企業自行計算扣除外，其他損失應在“長期股權投資收益(損失)明細表”(附表11)“財產損失”中填報。
2、企業應保留與損失有關的各種材料。
企業應當按照國稅發〔2009〕88號第十條的規定和企業內部管理控制的要求，做好資產損失的確認工作，留存相關資產會計資料、原始憑證和內部審批憑證，以備稅務機關日常檢查和現場核查。
(3)申報資產損失的註意事項
1.了解資產損失稅前扣除的審批權限。
根據國稅發〔2009〕88號和《北京市國家稅務局轉發國家稅務總局關於印發<企業資產損失稅前扣除管理辦法>的通知的通知》(郭靖國稅發〔2009〕117號，以下簡稱郭靖國稅發〔2009〕117號)，國家稅務機關的審批權限為
(1)國務院決定事項造成的資產損失，由國家稅務總局規定資產損失的具體審批項目後，報北京市國家稅務局審批。
(二)除上述規定外，其他資產損失由各區、縣(地區)國家稅務局及其直屬稅務分局審批。對單筆審批金額超過5億元的資產損失報市物價局備案。
(三)企業捆綁資產發生的損失，由企業總機構所在地稅務機關審批。
(4)根據《中華人民共和國國家稅務總局關於印發的通知》(國稅發〔2008〕28號)規定，實行匯總納稅的分支機構發生的資產損失，由當地主管稅務機關審核認定後，由總機構向當地主管稅務機關申報扣除。
2.按照提交資產損失稅前扣除的時限申請。
企業資產損失稅前扣除申請截止日期為本年度結束後第45天。企業因特殊原因不能按時提交審批申請的，經負責審批的稅務機關同意，可以適當延期。
3、按政策規定提交資產損失稅前扣除材料。
申請資產損失稅前扣除的企業應按照《財政部國家稅務總局關於企業資產損失稅前扣除政策的通知》(財稅〔2009〕57號)、國稅發〔2009〕88號、京國稅發〔2009〕16558號)的規定，提交資產損失稅前扣除申請書、資產損失稅前扣除申請表及加蓋企業公章的相關證據材料資產損失稅前扣除申請應符合政策，證據要素齊全。
四、批準征收企業應註意的事項。
(壹)實行核定應稅所得率征收方法(以下簡稱定率征收)的企業在年度納稅時應附《核定應稅所得率征收方法企業年度總收入申報表》。
(二)定額征收企業實際所屬行業適用的應稅所得率與稅務機關核定的應稅所得率不壹致時，應按有關規定在匯算清繳申報前向主管稅務機關申請調整，調整當年應稅所得率後再進行年度申報。
(三)定額征收企業的利息收入應計入企業總收入，按照《中華人民共和國國家稅務總局關於印發的通知(試行)》(國稅發〔2008〕30號)、《中華人民共和國國家稅務總局關於企業所得稅核定征收若幹問題的通知》(國發〔2009〕377號)等有關規定執行。
五、實行跨地區業務匯總納稅的企業應註意的事項。
(壹)實行跨地區經營匯總納稅的企業，在辦理企業所得稅年度納稅申報時，應當如實填報以下相關資料:
1，企業所得稅年度納稅申報表及其附表；
2.財務報表；
3.備案事項的相關信息；
4、總機構及分支機構、稅務分支機構、扣繳稅款分支機構的基本情況；
5.委托中介機構進行納稅申報的，應當出具雙方簽署的代理合同，並附中介機構出具的包括納稅調整的項目、原因、依據、計算過程、調整金額等內容的報告；
6.涉及關聯交易的，應同時提交中國企業年度關聯交易報告；
7.主管稅務機關要求的其他相關資料。
(二)對跨地區經營合並繳納企業所得稅的納稅人，由統壹計算應納稅所得額和應納所得稅額的總機構按照上述規定，在匯算清繳期間向當地主管稅務機關辦理企業所得稅年度納稅申報，進行匯算清繳。
分支機構不得進行匯算清繳，但應將分支機構的經營收入和費用報送當地主管稅務機關，再報總機構統壹匯算清繳。總機構應將分支機構及其附屬機構的經營收支納入總機構的匯算清繳，並報送分支機構所在地主管稅務機關。