目前，工業工程系下設三個研究所，涵蓋工業工程的核心領域，即:
物流與統計研究所:主要研究數學規劃、隨機模型、決策理論、算法與優化理論、數理統計、實驗設計，以及采購管理、運營管理、庫存管理、配送管理、客戶需求管理、網絡與交通管理、協調機制等。
工程系統研究所:主要研究生產系統設計與仿真、生產計劃與控制、質量與可靠性、制造過程與系統優化、企業集成與信息化、智能監控與可視化生產管理、企業診斷與效率提升、生產物流與供應鏈管理等。
人因與工效學研究所:主要研究人、機器與環境的相互作用、生產工效學、心理工效學與組織工效學、可用性理論、生產與交通安全工程、人機界面、職業安全與健康等。
工業工程系圍繞現代工業工程基礎、物流工程、制造系統工程、人因工程等領域開展了壹系列科學研究。承擔了多項國家自然科學基金、863項目、地方政府項目和國內外企業合作項目，多項科研成果獲得國家級和省級科研獎勵。每年在美國和歐洲的重要國際雜誌上發表數十篇高水平的學術論文。工業工程系從事物流與物流工程、生產工程與制造系統、生產管理、企業信息化(CIMS)。該系自成立以來，先後獲得國家自然科學基金、傑出青年基金、863高科技項目、教育部新世紀人才計劃、省部級合作項目等。
合作單位
工業工程系與工業界有著廣泛的合作，與卡特彼勒、利寶互助、鐵道部、奧組委等國際國內著名企業和組織有著良好的合作關系。
發展廣泛的國際合作是工業工程系科學研究的重點。除了與國外許多研究機構和大學保持密切合作外，還與許多國際大型企業開展工業工程應用研究，包括美國鮑莉相互保險集團、美國摩托羅拉公司、英國勞斯萊斯航空發動機公司、美國通用公司、諾基亞公司、寶潔公司等。這些研究的開展，使工業工程系的研究方向能夠迅速與國際學科發展前沿對接。