根據上述職責，市住房和城鄉建設局設11個內設機構：
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔信息、安全、保密、新聞宣傳、信訪、督辦、政務公開等工作；起草重要文稿；指導和協調電子政務工作；負責機關計劃生育、工會、婦女和後勤服務工作。
（二）法規科
組織研究重大的綜合性政策問題；擬訂住房和城鄉建設法制工作計劃；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；負責機關行政處罰案件的審核，組織開展案件聽證工作；承擔行政執法監督、行政復議和行政應訴工作；負責行政許可實施的監督和評估；負責人大議案與政協提案的協調辦理；負責機關普法教育和法律宣傳工作；指導建設系統的普法教育和法律宣傳工作。
（三）房地產業科
擬訂住房和房地產管理政策並監督實施；提出住房和房地產產業發展規劃和產業政策；會同有關部門編制住房建設規劃和年度計劃並指導、監督實施；負責房地產行業管理和房地產開發經營活動的監督管理；負責房地產開發企業資質管理；負責商品房預售管理。
（四）產權管理科
負責房地產權登記、發證及產籍檔案管理工作；負責落實房屋政策；負責調處市區房屋權屬糾紛，查處違法違規房產交易行為；負責房地產測繪、交易、評估、抵押的管理工作；負責市區房屋租賃管理，辦理房屋租賃登記備案手續；負責市區直管公房租賃、交換、處置的審批。
（五）住房保障和物業管理科
制訂經濟適用房和廉租房建設規劃及實施辦法，開展市區住房困難戶、無房戶情況調查，制定廉租房租用條件及經濟適用房購買條件並組織實施；指導縣（市、區）住房保障的工作；指導全市城鎮住房制度改革與住房發展工作；負責物業服務的行業管理；負責物業服務企業的資質管理，監督和指導全市物業服務工作；負責市區物業維修資金的監督管理。
（六）房屋拆遷和安全鑒定科
組織編制市區房屋拆遷、危房改造規劃和年度計劃，並組織實施；負責對市區房屋拆遷單位資格審查，核發房屋拆遷許可證；負責審查和公布市區房屋拆遷公告；負責對市區房屋拆遷安置補償糾紛進行裁決；負責市區房屋安全鑒定、危房改造管理工作；負責全市房屋安全鑒定監管工作。
（七）城鄉建設科
依法承擔省級風景名勝區的審核報批和監督管理；擬訂村鎮建設的政策並監督實施，指導村鎮建設和農村住房建設，指導小城鎮和村莊人居環境的改善工作，指導宜居城鄉建設工作；跟蹤協調市重點建設項目的有關工作。
（八）建築管理科（清遠市工程竣工驗收備案辦公室）
擬訂建築業發展規劃、管理規定和政策並監督執行；負責建築市場管理；負責建築業企業、監理單位、檢測單位、工程招標代理機構、工程造價咨詢機構的管理和資質標準的執行；負責工程擔保和工程保險管理；負責建築行業執業註冊人員和建築業從業人員的管理；負責工程質量安全管理；組織或參與工程質量安全事故的調查和處理；負責工程施工許可證管理；指導建設工程造價管理；負責工程竣工驗收備案。
（九）科技設計科
負責全市建設工程設計行業管理、工程技術和建築節能管理；負責對全市大、中型建設項目初步設計審查；負責勘察設計咨詢業的資質審核；指導協調制定行業的科技發展規劃和技術經濟政策，組織協調行業的重大科技攻關，指導、協調重大技術引進和技術改造立項；負責新工藝、新設備、新材料、新技術的推廣和應用。
（十）財務科
指導住房和城鄉建設系統行業信息統計工作；負責機關各項資金、國有資產的管理、使用和財務工作；承擔機關及直屬事業單位行政事業性收費項目的立項、申報和管理工作，指導直屬事業單位財務監督管理和審計工作；負責機關債權債務關系的處理。
（十壹）人事科
負責機關和指導直屬單位人事管理、勞動工資、離退休人員服務、扶貧、關工委、黨務、外事、內保、專業技術職務評聘、政治思想、職業道德教育、黨風廉政建設等工作。指導全市住房和城鄉建設系統精神文明建設工作。