雖然？有償發行？目前對於這種初始獲取方式還沒有規定，但是已經出現了壹些問題。比如政府取得了碳排放權(配額)的有償出讓，企業用什麽憑證做稅前扣除憑證？付款包括增值稅嗎？如果是收購然後出售，進項如何抵扣？如果全部是收購後使用，企業發生應稅行為後如何抵扣？
雖然目前稅收政策不明確，但可以借鑒企業取得土地所有權進行開發建設或轉讓土地所有權的稅收相關政策。
財政部《中華人民共和國國家稅務總局關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅[2016]36號)規定，16年5月以後取得的土地使用權轉讓，按照出售無形資產-自然資源使用權(土地使用權)征收增值稅，稅率為11%
《中華人民共和國國家稅務總局關於發布〈房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅征收管理暫行辦法〉的公告》(國家稅務總局公告2016第18號)規定，房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目的壹般納稅人，適用壹般計稅方法納稅，按照取得的總價和價外費用，扣除與該項目對應的土地價款後計算銷售額。
可以推測，政府有償分配碳排放權(配額)，會開具相關權利證書，但不會開具增值稅發票，收取的價格不含增值稅。因此，企業在初始階段有償取得政府碳排放權(配額)後進行轉讓的，應當就其無進項抵扣的銷售額開具6%的增值稅專用發票(2065438年4月至2009年4月1)。企業取得後全部使用的，以政府部門出具的相關權利憑證和支付憑證作為企業所得稅抵扣依據。企業在碳排放權(配額)清償後申報增值稅時，將取得碳排放權(配額)的價款從當期應稅銷售額中扣除。