在地方機構方面，目前日本海上保安廳以日本本土為中心，將周邊管轄海域分為11個海上管區，每個管區都設有海上保安本部。至2004年為止，這11個管區的海上保安本部***下轄66個海上保安監部、1個海上警備救難部、58個海上保安署、 6個情報通信管理中心、7個海上交通中心、1個航空警備管理中心、14個航空基地、1個國際組織犯罪對策基地、 1個特殊警備基地、1個特殊救災基地、1個機動防災基地、5個通信站、4個航道觀測站、1個導航中心與18個航標管理部門等。
隸屬第三管區的橫濱海上保安部，是整個海上保安廳裏規模最大的壹個海上保安部，擁有充裕的機艦機動兵力，有效地遂行海上治安維護、海上交通保障、海難救助、海上'防災、確保海洋環境安全以及統合國內外相關安全與救災機制等，並且是東京灣內維持海上秩序、安全與救災的最大型單位。第三管區本部所在的橫濱防災基地，是海上保安廳位於關東地區的最主要的防災據點星；橫濱基地本身有良好的耐震設計，其設施包含緊急應變勤務指揮中心、武道場、室內射擊訓練用靶場、各式訓練用水槽、操船模擬器、耐震碼頭等。壹旦關東地區發生重大海上或地上災變，橫濱基地便作為應變指揮中心。橫濱防災基地內有橫濱海上保安部、橫濱機動防除基地、航空整備管理中心等三個單位的辦公室，其中機動防除基地負責處理全國性的大規模海洋漏油事件。 海上警備堪稱保安廳的最重要業務，由警備救難部負責，主要包括海上巡視、領海港灣警備、維護海上治安、打擊海上刑事犯罪、防止走私和偷渡、打擊海盜、防止不明船只侵入、取締國內外船只的非法漁業作業、海上交通事故調查、情報搜集、 海上重要設施和重要物資的運送警備等等；此外，也與周邊國家積極進行交流與合作，***同維護海上秩序。
自從聯合國海洋公約通過200海裏專屬經濟海域後，日本與鄰近的韓國、中國、臺灣發生許多經濟海域重疊，造成漁業糾紛層出不窮； 此外，日本與俄羅斯、韓國、中國與臺灣之間還有南千島群島（北方四島）、獨島（竹島）、釣魚島與東海油田等領土資源紛爭， 經濟海域與領土爭議加上許多歷史情感因素，導致日本與中國、韓國間的相關摩沖突變得異常敏感。為此，維護海域利益、驅逐取締進入日本經濟海域的外國船只（包含漁船、探測船乃至情報船），遂成為海上保安廳的重點工作。 海難救助業務由警備救難部負責負責，包括海難救助、海洋環境保護與海上防災等三個部分。
海難救助部分，在日本沿海和海上搜救區域內發生船舶火災、翻覆、沈船等海難事故時，於最短時間內進行人命救助和現場救援善後工作，以保護管轄海域內的生命財產安全。平時建立完善的海上緊急救難體制和預案，設置快速反應的專業海上救助隊，持續實施24小時不間斷的值班待命體系，並由巡視船艇和飛機實施海空巡航監視。為迅速有效地遂行海難救助，海上保安廳建立包括整合了衛星通訊、海岸無線電臺、船舶與飛機無線電在內的整體式海上搜救通信預警體系，其海岸電臺使用國際標準遇險頻率進行24小時不間斷守聽，收到遇難信息時立刻采取相應措施。
海洋環境保護業務系對發生在日本周圍海域的海洋汙染事件進行監控和處理，以保護海洋生態環境。為此，海上保安廳對燃油汙染發生機率較高的海域進行重點監控，防止海上船舶、陸上工廠或海岸工程等排放廢油、含油汙水等汙染物，或者是船舶意外事故造成的漏油；相關單位配備汙油回收裝置與清除設備，隨時待命行動，以防重大漏油事故的發生。
海上防災部分，在發生海洋相關的重大自然災害（如海底火山爆發、地震與海嘯等）時，派出巡視船艇、飛機前往現場展開緊急救援行動，例如救助災民、搬運離島傷患、運輸相關人員和救援物資。1990年，日本與韓國簽署海上搜救及船舶緊急避難協定；在1994年，海上保安廳與俄羅斯海運局國家海洋救助總部簽訂互助方針。這類協定簽署之後，除了實際的海難救助作為之外，日本與其他締約國也定期舉辦海上聯合搜救與汙染防制的會議與聯合作業演習。 海洋交通業務由交通部負責，主要分為三大類，分別是海上交通管理、助航設施管理以及安全通訊管理。
海上交通管理部分，包括管制日本周邊海上航線交通、監控日本501個港口內船舶航行與停泊、管理港內工程和水上水下施工作業，以及監督捕撈活動。為此，海上保安廳在東京灣等通航密集區建立了七個海上交通管理中心，提供交通資訊、管制船舶航行等，以提高海域的營運效率與安全性， 尤其是在航行密集的86個港口內嚴密掌握船舶進出港的情況，以確保船舶交通安全。
管理相關助航設施部分，包括對日本境內5600多座燈塔、燈浮標和無線電航標燈等設施的管理與日常保養巡檢；此外， 海上保安廳也在日本沿海設置了58處水文氣象監測站，隨時監測該海區的風向、風速、波浪等氣像和水文情況，以隨時提供氣像與海況信息給過往船只。隨著港灣航道的發展以及船舶高速化、專用化等趨勢，近年的船舶航行方式發生了顯著變化，因此海上保安廳也基於各地海域自然條件及船舶通航狀況等要素，有計畫地不斷發展與更新海上航標設施，確保在日本沿海航行的船舶交通安全。
安全通訊管理部分，負責管理海上保安廳整個航海運作相關的安全通訊網絡，包括遇險通信、進出港通信、檢疫通信、發生自然災害的緊急通信等，同時也依照情況發布航行警告、航行通告、特大型船舶航行通報和海洋氣像預報等。為了強化海上緊急應變效率，近年海上保安廳也大幅度地改良、翻新傳統的遇險和安全通信體制，大量引進自動化設備，並全面引進全球海事災難安全系統（GMDSS）。 海面裝備部分，至2004年左右，海上保安廳擁有450艘左右各類艦艇，分為警備救難業務用船、海洋情報業務用船、航略標識業務用船及教育業務用船四大類。海上保安廳最主要的裝備是警備救難業務用船，包括1000噸以上能攜帶直升機的大型直升機巡視船（PLH）13艘、 1000噸以上未帶直升機的大型巡視船（PL）38艘、350噸至1000噸的中型巡視船（PM）38艘、350噸以下的小型巡視船（PS）27艘、PC巡視艇57艘、CL巡視艇約170艘、 5艘消防船（FL）、3艘消防艇（FM）、3艘放射能調查艇（MS）、2艘GS警備艇、42艘監視取締艇（SS）等。海洋情報業務用船則包括5艘大型測量船（HL） 與8艘小型測量船（HS）。
航略標識業務用船包括1艘航路標示測定船（LL）、2艘設標船（LM）、8艘中型燈塔巡檢船（LM）、13艘小型燈塔巡檢船（LS），此外還有3艘教育業務用船。其中，1992年完工服役的敷島號（PLH-31）直升機巡視船滿載排水量高達7175噸，是全世界最大的海警艦艇之壹，可搭載2架AS-332L1超級美洲豹直升機， 主武裝包括2座雙聯裝35mm機炮、2座20mm六管旋轉機炮，最高航速約25節，續航力超過20000海裏，遠洋值勤能力強大。 航空機部分，海上保安廳擁有擁有各型固定翼飛機29架與各型直升機46架，其中固定翼噴氣式飛機包括2架LAG GV洋面監視機與2架LAJ Falcon 900洋面搜救機，螺旋槳飛機包括5架YS-11A海面搜索/監視機、4架SAAB-340B plus SAR-200海面搜索/救難機、10架Beech 350海面搜索/監視機、5架Beech 200T/B20)T警備救難機、1架SA Cessna U-206G小型救難/監視機，2009年2月又開始接收8架龐巴迪DHC8-Q300海面監視機。直升機則包括25架Bell-212監視/救難直升機、8架Bell412監視/救難直升機、四架AS-332L1超級美洲豹監視/救難直升機、2架Euroheli EC-225監視/救難直升機（AL-332L1的改良型，主要作為SST部隊的搭載機）、3架S-76C監視/救難直升機、4架Bell-206救難/聯絡直升機等，在2008年又從意大利購入三架AW-139監視/救難直升機。