1、合作社名稱預核準申請登記：成員5名以上，農業戶口不少於80%，事先想好合作社名稱。5名成員(帶戶口本和身份證)壹起到縣行政服務中心工商局窗口，名稱預核準申請登記，同時領取相關表格，按要求進行填寫、簽字和準備相關材料。辦理之後的手續只要壹名成員即可，不用全體都到。
2、合作社設立
工商行政管理局設立登記，提交材料：設立登記申請書;全體設立人簽名、蓋章的設立大會紀要;全體設立人簽名、蓋章的章程;法定代表人、理事的任職文件和身份證明;全體出資成員簽名、蓋章予以確認的出資清單;法定代表人簽署的成員名冊和成員身份證明復印件;
住所使用證明;指定代表或者委托代理人的證明;合作社名稱預先核準申請書;業務範圍涉及前置許可的文件。不收任何費用。
公安局制定刻章：提交材料：合作社法人營業執照復印件、法人代表身份證復印件、經辦人身份證復印件。 收費400元上下。
質量技術監督局辦理組織機構代碼證：提交材料是合作社法人營業執照副本原件及復印件壹份;合作社法人代表及經辦人身份證原件及復印件壹份;如受他人委托代辦的，須持有委托單位出具的代辦委托書面證明。
國家、地方稅務局申領稅務登記證：提交材料：法人營業執照副本及復印件;組織機構統壹代碼證書副本及復印件;法定代表人(負責人)居民身份證或者其他證明身份的合法證件復印件;經營場所房屋產權證書復印件;成立章程或協議書復印件。免收稅務登記工本費。
優惠政策：
1、購機優惠：2012年全國農機購置補貼資金215億元，約30%用於支持合作社購置農機裝備。
2、土地流轉優惠：部分地區對合作社土地流轉優惠補貼，十八屆三中全會鼓勵土地向合作社流轉，靜待以後各地出臺土地優惠政策。
3、稅收優惠：對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，免征增值稅，生鮮農產品流通環節稅費減免政策。
擴展資料
註意：多查條文，篩信息：及時關註科技、發改、財政、農業、商務、林業、供銷總社、水利、工信九大部委及其相關的省、市部門網站農業補貼類信息。
了解關鍵技術、合作社自身建設、配套服務設施、人才培養等方面來了解政府的補貼。結合自身的實際情況，篩選出適合自身的補貼類信息，從而向對口部門申報相關的農業補貼。
中國三農網-2016年農業合作社補貼和優惠政策
百度百科-農業合作社