企業內部控制受企業控制環境的影響很大，良好的控制環境是內部控制實施的關鍵。據有關學者分析，企業的控制環境直接影響企業目標的實現。因此，要完善企業內部控制制度，首先要改善企業的控制環境。在具體實施過程中，要加強企業的科學管理，明確各管理部門的權責範圍，同時明確內部控制的控制目標和控制主體。
2.加強企業的風險評估能力。
降低風險作為內部控制的重要作用，是企業做出正確經營決策的關鍵。因此，在企業經營過程中，要加強企業的風險管理。在我國經濟快速發展的今天，經濟信息復雜多變，企業內部控制的範圍也隨著經濟市場的不斷變化而發生了相應的變化。為保證企業內部控制的科學有效，應強化企業風險意識，建立企業風險評估體系，將風險理念落實到日常經營中，居安思危，防患於未然。同時，要在企業內部建立相應的風險管理體系，加強風險預測和監督，確保第三方建立健全內控制度。
3.完善第三方物流企業內部治理結構。
為了保證企業做出正確的經濟決策，第三方企業必須具備科學完善的內部治理結構。完善的內部治理結構不僅能有效實施企業內部控制，還能加強企業內部監督。完善治理結構，制定合理的操作流程，加強信息管理系統建設。明確財務管理、資產管理、生產和對外投資方面的責任和目標，提高企業經營效率。只有建立完善嚴格的內部控制制度，才能提高企業的競爭力和應變能力。
4.加強對內部控制的監督和審查。
對於第三方物流企業來說，在實施內部控制時，最重要的是保證財務信息的準確、真實和完整。為此，我們應該建立和完善企業的監督機制。對企業內部控制進行監督和審查，同時企業要配備專業人員進行高效評價。在監督評價過程中，應對內部控制制度進行全面的監督和評價，並將其作為日常運作的壹部分。壹旦發現內部控制缺陷，應及時向有關領導報告，並采取措施予以解決。隨著信息技術的發展，加強內部控制的監督和評價是企業管理現代化和規範化的重要途徑。
5、提高管理者的內部控制意識。
完善企業內部控制制度，需要提高企業管理者的內部控制意識。在具體實施過程中，要定期對企業內部員工進行培訓，讓他們了解企業內部控制的重要性，進而使企業管理者自覺做好企業內部控制工作。