增值稅發票認證和外貿企業出口退稅系統是兩個系統：
1、增值稅發票認證目前有三種方式：第壹是遠程認證，即通過掃描儀把進貨增值稅發票信息發送到稅務機關，稅務機關認證後反饋給企業，企業可以在遠程認證系統中查看、打印；第二是稅務大廳提供手工認證服務，當場可以打印出口認證發票信息；第三種是ARM自助辦稅終端，企業可以自行在該機器上進行發票認證。
2、當前使用的外貿企業出口退稅申報系統（版本已到11.0）首先是壹個數據采集軟件，負責把企業進貨明細、出口明細進行采集、匹配、審核檢查，其中的進貨明細要依據企業進項增值稅發票，而且必須是認證通過的，否則比對不到，影響退稅。
如果想在申報系統中查詢已錄入增值稅發票信息，可以通過第六步“確認正式申報數據”--“進貨明細申報數據查詢”來實現，也可以在確認正式申報數據後，直接打印“出口貨物進貨明細表”來查看。