壹、性質不同
1、會計信息系統：既是壹門跨學科的課程，又是壹門專業理論、方法、實踐都很強的課程
2、管理信息系統：是壹個壹般用於描述企業內部電腦系統的術語。
二、作用不同
1、會計信息系統：可以從所要達到的目標出發，設計出業務流程更加合理、更適合計算機處理、效率更高、計算更精確的會計核算形式和核算方法。
2、管理信息系統：主要提供與企業商業操作相關的信息。
三、特點不同
1、會計信息系統：數據來源廣泛，數據量大；數據的結構和數據處理的流程較復雜；數據的真實性，可靠性要求高；數據的加工處理有嚴格的制度規定並要求留有明確的審計線索。
2、管理信息系統：在壹個大型企業裏，“MIS”或“MIS部門”指主要的，或與主要同等地位的電腦專門技術和管理系統，通常包括主機系統，也包括企業整個電腦資源網絡的擴展部分。
百度百科-管理信息系統
百度百科-會計信息系統