1、投資主體不同。個人獨資企業是有壹個投資主體並且是個人出資，按照有關規定在工商行政部門登記註冊開辦的企業；合資企業是有兩個或兩個以上的投資主體***同出資，按照有關規定在工商行政部門登記註冊開辦的企業；
2、年度審計報告不同。個人獨資企業每年都要出審計報告，而合資企業不用出審計報告；
3、利潤分配形式不同。個人獨資企業是投資者個人自主經營，自負盈虧；投資者分得的利潤額按正常計算；合資企業投資者***同經營，利潤額是按出資比例計算，即按投資者的出資額在總投資額中所占份額進行分配。
法律依據《中華人民***和國合夥企業法》第十六條
合夥人可以用貨幣、實物、知識產權、土地使用權或者其他財產權利出資，也可以用勞務出資。
合夥人以實物、知識產權、土地使用權或者其他財產權利出資，需要評估作價的，可以由全體合夥人協商確定，也可以由全體合夥人委托法定評估機構評估。
合夥人以勞務出資的，其評估辦法由全體合夥人協商確定，並在合夥協議中載明。