因此，如果莆田鞋的進口商按照規定進行了申報，並提供了相應的文件和證明，同時通過海關的查驗，那麽莆田鞋就有可能被順利放行，不會遭到扣留。
然而，如果莆田鞋被發現違反了相關的法律法規或規定，比如涉及到知識產權的問題，或者被懷疑是仿冒品牌的產品，那麽就可能會被扣留，甚至被沒收或銷毀。
總的來說，過日本海關時，莆田鞋是否會被扣，取決於具體情況和相關法規，因此需要進口商了解和遵守相關規定，以避免可能的麻煩。