壹、領導不同
1、直屬海關是指直接由海關總署領導，負責管理壹定區域範圍內海關業務的海關。
2、隸屬海關是指由直屬海關領導，負責辦理具體海關業務的海關。
二、數量不同
1、直屬海關：***有42個，除香港、澳門、臺灣地區外，分布在全國31個省、自治區、直轄市。
2、隸屬海關：***有562個，隸屬海關是進出境監督管理職能的基本執行單位。
三、海關的職責不同
1、直屬海關
（1）對關區通關作業實施運行管理，包括執行總署業務參數、建立並維護審單輔助決策參數、對電子審單通道判別進行動態維護和管理、對關區通關數據和相關業務數據進行有效監控和綜合分析；
（2）實施關區集中審單，組織和指導隸屬海關開展接單審核、征收稅費、查驗、放行等通關作業；
（3）組織實施對各類海關監管場所、進出境貨物和運輸工具的實際監控；
（4）組織實施貿易管制措施、稅收征管、保稅和加工貿易海關監管、企業分類管理和知識產權進出境保護；
（5）組織開展關區貿易統計、業務統計和統計分析工作；
（6）組織開展關區調查、稽查和偵查業務；
（7）按規定程序及權限辦理各項業務審核、審批、轉報和註冊備案手續；
（8）開展對外執法協調和行政糾紛、爭議的處理；
（9）開展對關區各項業務的執法檢查、監督和評估。
2、隸屬海關
（1）開展接單審核、征收稅費、驗估、查驗、放行等通過作業；
（2）對轄區內加工貿易實施海關監管；
（3）對進出境運輸工具及其燃料、物料、備件等實施海關監管，征收船舶噸稅；
（4）對各類海關監管場所實施監控；
（5）對通關、轉關及保稅貨物的存放、移動、放行或其他處置實施實際監控；
（6）開展對運輸工具、進出口貨物、監管場所的風險分析，執行各項風險處置措施；
（7）辦理轄區內報關單位通關註冊備案業務；
（8）受理轄區內設立海關監管場所、承運海關監管貨物業務的申請；
（9）對轄區內特定減免稅貨物實施海關後續監管。
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