中國報關協會的指導機構是海關總署。
中華人民***和國海關總署簡稱“海關總署”，是國務院直屬機構，為正部級。海關總署貫徹落實黨中央關於海關工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對海關工作的集中統壹領導。
負責全國海關工作、組織推動口岸“大通關”建設、海關監管工作、進出口關稅及其他稅費征收管理、出入境衛生檢疫和出入境動植物及其產品檢驗檢疫、進出口商品法定檢驗、海關風險管理、國家進出口貨物貿易等海關統計。
全國打擊走私綜合治理工作、制定並組織實施海關科技發展規劃以及實驗室建設和技術保障規劃、海關領域國際合作與交流、垂直管理全國海關、完成黨中央國務院交辦的其他任務，中央紀委國家監委在海關總署派駐紀檢監察組。
機構職責
負責全國海關工作，擬訂海關（含出入境檢驗檢疫，下同）工作政策，起草相關法律法規草案，制定海關規劃、部門規章、相關技術規範。
負責組織推動口岸“大通關”建設，會同有關部門制定口岸管理規章制度，組織擬訂口岸發展規劃並協調實施，牽頭擬訂口岸安全聯合防控工作制度，協調開展口岸相關情報收集、風險分析研判和處置工作，協調口岸通關中各部門的工作關系，指導和協調地方政府口岸工作。
負責海關監管工作，制定進出境運輸工具、貨物和物品的監管制度並組織實施，按規定承擔技術性貿易措施相關工作，依法執行進出口貿易管理政策，負責知識產權海關保護工作，負責海關標誌標識管理。