中國入世後，由於農產品市場開放兼具不對等性，新措施規程操作缺乏經驗，市場潛伏失控危險，國內支持空間受限，長期受保護的中國農產品將面臨過渡期短，市場開放大，調控手段受滯僵局。若贏得國際市場將代價高昂。同時，在其運作過程中仍存在著諸多弊端與矛盾，成為制約其向深層拓展的“瓶頸”。
生態農業的發展是以構築生態安全體系為根基，以“公司加農戶”的產業運營模式，以信息技術的有機整合，三者融匯並有力推進生態農業的科技產業模式。
生態安全體系建構 —— 生態農業發展的安全機制
受人口激增壓力及生態環境相對惡劣的雙重影響，導致生態農業分布區域範圍較為廣泛。同時，土地人口承載量低以及農業資源利用效率效益低的現狀，足以表明現階段生態農業的發展尚處於生產性低耗水而結構性高耗水的非控式發展階段。另外，農業科技產業模式的建構則以良性運行的生態環境為基本的依托載體。從而加快建立生態安全體系，以構築生態農業發展的安全機制。
所謂生態安全是指區域生存與發展所處的環境，不受或少受因生態失衡而致的破壞與威脅，它從根本上關系到壹定區域的安全與長遠利益。而建構生態安全體系則是指從宏觀生態視角出發，以生態安全為其終極目標，以抑制生態失衡為現實目的，建構具有層次結構的綜合生態網絡系統。
由於生態環境建設多數項目在短期內沒有直接利潤產出，因此，市場無法予以有效調控。同時環境凈化、生態建設的對象多系公***資源，對該類資源的浪費具有無競爭性與非排他性。因此，國家必須通過法制手段對有關環境方面的諸多問題予以有效約束，為生態農業之發展提供有利的社會外部氛圍及其內部軟環境整合。
其次，優化投資結構，構建其制度根基，講究生態效益與社會效益的有序融合。生態農業的發展要求我們識別和尊重該特定層次區域的環境容忍度，其核心是承認在處理環境波動時的地區靈活性。
必須構建有效的制度根基，明確資源循環利用企業化制度，其所設計的基本原則是“外部經濟內在化”，即某壹區域的廢棄物應匯集到企業予以集中凈化處理，使其資源化。既能有效控制環境汙染，為生態農業的發展提供額外的資源補給，又為企業帶來較高的收益，且優化社會投資結構，從而有利於實現生態與社會雙重效益。
再次，完善管理體制，構建其產權根基，力求生態效益與經濟效益的雙重整合。由於我國長期按行政區劃發展農業經濟，並調配水資源等農業所需資源，其做法在客觀上分割了生態經濟系統內部聯系性與有機整體性，導致搶占資源，破壞環境的事件屢有發生，其整個生態系統陷入惡性循環的不良狀態。我們應當在借鑒發達國家經驗的基礎之上，按其規律予以有效配置資源，組織生態環境建設，盡快建立符合區域實際的“利益***享，責任***擔”的補償機制，組建權威性的水資源配置與環境利用、保護和管理機構，制定科學的區域生態“利益補償、責任***擔”的交易核算方法。
農業經營企業化整合 —— 生態農業發展的動力機制
農業產業經營，是以農業科技產業的確立為基本前提。作為壹種新興和活躍的生產力要素，壹種用新的科學思想和現代高技術武裝的，能適應當今時代發展的新型科技產業。其不直接從事農業生產，而是為農業生產提供先進科技產品和優質服務的產業，是現代農業的“裝備部”和先進技術轉化傳播的“主力軍”。具體而言，高科技的有機整合以迫使產業組織間達到平衡的市場結構狀態，亦即競爭活力與規模經濟可以並存的市場競爭狀態，是農業產業化運作供給有效競爭的動力，繼而從根本上盤活整個農產品市場。
統壹規劃部署，適度規模經營，力求農業科技現代化。
現代化農業的根本標準是農業勞動生產率的極大提高。壹般而言，只有資本使用型技術進步才能引發農業勞動生產率的革命性進程。但我國農業經營規模超小型的現狀，將導致其效率由於勞動投入邊際遞減規律作用而下降；同時，現代農業的明顯表征是外部規模經濟的良性狀態，亦即農業產前、產後的外部優化環境將使農產品單位成本得以大幅度降低。
高科技的有序融合將有利於農副產品的加工、轉化、增值，有利於農業產業鏈的適度延長，深化與優化。因此，農業產業化經營的實施必將要求建構農業科技的自我創新機制，完善農業科技成果的擴散推廣機制，強化生產經營者對現代農業科技的自覺吸納機制。與此同時，要有序推進土地制度改革，建立“三權分離”的土地流轉機制，亦即明確所有權、穩定承包權、搞活經營權。並在農村推進土地適度集並制度。在條件許可的情況下，加快土地流轉，適度集並土地，實現規模經營。
建立風險信貸投資，合理孵化中介，創造農業投融資軟環境
在推行適度規模經營策略的同時，應完善配套政策，建立合理的稅費制度和社會化服務體系，尤其是拓展風險信貸投資渠道，合理孵化中介，以增加農產品加工企業獲取貨款與信貸機會。中介機構的諸多資金援助計劃，應填補依正常條件無法獲得私人貸款的“農戶企業”的信貸缺口。如設立“農戶企業投資公司計劃”，援助私人風險資本公司，為難以獲得傳統風險資本的企業提供限額債務和股票融資；“擔保開發公司計劃”向中小企業提供長期固定利率貸款，使後者得以購買有形資產以擴大生產和實現現代化，“微型貸款計劃”向準備開辦企業而又需要特別技術援助的企業家提供非常小額貸款；“出口推動計劃”為無法獲得傳統出口融資的企業提供融資等。整合公司與農戶，發展“訂單農業”，力求農產品營銷企業化。
現階段，制約生態農業發展的“瓶頸”仍舊是“信息失靈、銷路不暢”。而農業現代化是壹個資本積累的過程，必須突破傳統農業的局限性，以“公司加農戶”為主要形式的產業化經營，發展“訂單農業”。農產品營銷企業是改變農業弱質地位，提高整體效益，加快農業現代化進程的有效途徑。公司加農戶模式，是以訂單式生產為基本特征，以農業生產與國內外市場緊密相聯為其突出特征。農產品從生產，加工到包裝，銷售壹體化。此外，農戶與公司建立股份制，由公司為農戶提供用於農業基礎設施建設的資金並負責農產品收購，然後，從每年付給農戶的貸款中分成或逐年回收投資。這種模式的運作需要農戶增強有效保護自己的合法利益的法律意識，以便在與公司簽訂合同中能取得比較合理的利益分配，從而形成公司與農戶的良好互動機制。
信息技術有機競合 —— 生態農業發展的緩沖機制
生態農業的嶄新時代內涵必須是主動接受以高科技為先導的知識經濟，並與其有機競合，從而提高市場競爭力與生存。同時，國家應盡快制定信息資源開發利用標準，積極創設高效運營的農業發展緩沖機制。
生態農業信息化包括農業信息資源的開發利用，農業信息化技術的推廣、農業生產與管理系統的信息化和農業信息化服務體系的建立。而信息化技術最為重要，所謂信息控制技術是指擬通過高技術的競合，不間斷地把農作物生長環境所需的溫度、濕度及其需水量等數據輸入計算機以控制農作物適時需水量的全自動智能操作系統。其從根本上改變了傳統農業所采用的浪費嚴重的水資源漫灌技術，有效地提高其利用率，緩解了農作物需水量短缺等關鍵性的阻滯因素。
當前，我國農業信息資源開發與利用缺少相應標準。由於農業知識內容、結構體系的規定性和信息服務的針對性具有特殊的價值測度，因而其規範和標準在很大程度上決定著知識信息資源的開發成本及其使用價值。盡管通過某種標準化的知識描述語言和智能化、規範化的搜索引擎，可以在壹定程度上建立各種知識信息資源庫之間的信息交換模式和用戶的信息***享模式，但由於信息資源的大量增長且形式各異對於希望及時、全面、方便、準確獲取和處理相關農業知識信息的農戶而言，其方式則難以滿足千變萬化的個性化需求。這就需要加快組建農業綜合信息網絡體系，以針對諸多農戶的需求，對大量變化的相關信息予以分析、整理、加工，提供面向其需求的個性化知識信息服務。具體而言，在遵循國家相關信息資源開發與利用標準的前提下，在壹定的區域經濟專屬區內，組建壹支能夠迅速篩選網絡農業資訊的科研隊伍，篩選內容包括區域範圍不同地區的各種農產品價格差，商業或其它形式采購的農產品種類與數量，前沿農業新品種的研發等，並在較短的時期內以最快捷的市場資訊服務於農戶，以從根本上防止農產品滯銷，達到農戶增產增收的目的。
生態農業必須予以戰略性結構轉軌，面對“綠色壁壘”與國外農產品價格競爭優勢，我們迫切需要及早對農業信息化予以前瞻性支持。