根據上述職責，市科技工貿和信息化局設27個內設機構：
（壹）辦公室。
負責有關文件審核、督辦、會議、文電、檔案、接待、後勤保障、局網站建設和維護等機關日常工作；承擔信訪、信息、機要、保密等工作；承擔機關財務、資產管理等工作。
（二）綜合法規科。
組織起草綜合性材料及文件；承擔法規規章、規範性文件、重要文稿及對外協議的起草或審核工作；規範本局行政審批事項和行政執法行為，承擔行政復議及應訴工作，組織行政處罰聽證；負責政務公開、協調宣傳、新聞等工作；負責綜合協調工作。
（三）產業政策與規劃科。
貫徹落實國家、省相關產業政策和科技創新政策；綜合擬訂科技、工貿等中長期規劃和年度計劃，擬訂和編制工業、商貿流通業和信息化的產業規劃及產業政策並監督執行；提出推進科技創新、產業結構調整、融合發展及管理創新的政策建議和實施方案；承擔市自主創新工作聯席會議日常工作；開展產業調研；組織軟科學課題研究。
（四）經濟運行與統計監測科。
監測、分析工業商貿運行態勢，研究提出近期工業商貿經濟主要預測性指標；負責日常經濟運行調節，研究提出調控目標和調控建議；組織解決經濟運行中的重大問題和生產中涉及的政策性問題；承擔重點企業監測、收集、整理、發布、分析經濟和科技領域基礎數據工作；負責對外貿易、利用外資、服務貿易等監測、統計和分析工作；牽頭組織科技進步考核工作。
（五）計劃科。
負責編制工業發展資金、節能專項資金、科學技術研究與開發資金、中小企業扶持資金等各項資金中長期使用規劃和年度安排計劃；負責各類資金計劃的協調和綜合平衡；承擔申報預算、資金切塊、核撥資金的工作；負責組織開展資金使用績效評價。
（六）審批科（行政服務對外窗口）。
受理本局面向社會的行政審批事項;承擔有關的證書、批復文件的辦理、轉報和發放等工作；承擔與業務受理有關的政策及辦理情況咨詢工作；負責各項審批事項的年審工作。
（七）高新技術產業科。
編制實施高新技術發展及產業化的規劃和計劃；組織實施高新技術領域科技攻關及高新技術產業化項目；組織申報與協調管理國家和省高新技術及產業化項目；協調高新技術產業開發區等園區的建設，組織申報高新技術產業基地；會同有關部門申報和認定創新型企業和自主創新產品；組織申報高新技術企業和高新技術產品；組織實施國家、省、市創新基金（資金）項目。
（八）科技成果科。
擬訂科技成果評價、登記、科技獎勵、技術保密的管理辦法並組織實施；承擔科學技術獎勵和評審委員會辦公室日常工作，指導科技成果信息庫和專家庫建設；承擔技術合同認定登記；負責技術性收入免征營業稅初審；編制和組織實施年度科技成果重點推廣計劃和重點新產品計劃；指導和監督技術市場，承擔科技服務行業管理工作；指導科技專業鎮的技術創新；配合有關部門開展科普和科技人才工作；負責社會發展及民生科技工作。
（九）產學研合作科。
牽頭擬訂產學研合作的政策措施，編制產學研合作發展規劃和年度計劃，組織實施產學研合作專項資金項目；負責組織產學研創新聯盟、產學研結合示範基地和產學研創新平臺建設；負責組織重大科技項目攻關；推進企業科技特派員計劃；認定和扶持市公***實驗室，扶持國家重點實驗室在我市建立分支機構；負責科技企業孵化器的認定和管理；組織高校和科研院所與我市企業進行項目（技術）對接；推動建立以企業為主體、產學研緊密結合的技術創新體系；承擔珠海市促進產學研合作領導小組的日常工作；承擔高等院校和地方的合作工作。
（十）知識產權科。
研究專利發展戰略，協調知識產權方面的重大問題，承擔市知識產權聯席會議的日常工作；組織有關知識產權的宣傳、培訓工作；負責知識產權專項資金的申報、管理和使用，組織落實專利獎勵、專利申請資助、專利實施計劃和知識產權優勢企業培育與認定等相關工作，指導企業開展專利工作和技術保密工作；組織開展專利行政執法；提供知識產權政策法律咨詢，指導和監督知識產權社團、專利中介機構；配合涉外專利糾紛、因知識產權糾紛引起的反傾銷調查相關工作。
（十壹）技術改造與技術創新科。
推動企業技術改造和技術創新體系建設；指導企業質量管理、品牌建設和工業設計；承擔企業技術中心、工程技術研究開發中心、科技基地組建和認定的相關工作；組織審查、上報和辦理需經各級審批、核準、備案的技術改造投資項目。
（十二）資源與綜合利用科。
指導節能降耗工作，制定節能降耗相關規劃、政策並組織實施；組織協調推動循環經濟、資源綜合利用工作；推動企業開展自願清潔生產工作；承擔全市能源供應保障和開發利用的協調工作；指導新能源、可再生能源的開發利用；依法實施電力、煤炭、成品油行業管理；指導市節能監察中心工作。
（十三）工業與園區發展科。
指導推進工業園區合理布局、工業進園和產業集群發展；綜合協調推進產業轉移工作，承擔市推進產業轉移和勞動力轉移領導小組的日常工作；實施原材料、裝備、消費品、民用爆炸物品制造等工業行業管理；承擔履行《禁止化學武器公約》的相關協調工作；承擔國防科技工業的綜合協調、管理和科技裝備動員工作。
（十四）中小企業與民營經濟服務科。
貫徹落實中小企業和民營經濟發展的法律法規和方針政策，掌握本市中小企業和民營經濟動態，研究提出相關的政策措施；指導全市中小企業社會化服務體系（公***服務平臺）和信用擔保體系建設；推進中小企業融資工作；負責落實相關專項資金；負責民營科技工作和中小企業科技金融工作；指導中小企業服務中心工作。
（十五）生產服務業科。
組織擬訂會展、物流、信息服務、技術服務、商務服務等生產性服務業政策和發展規劃並組織實施；承擔物流行業管理工作；推動服務業和制造業融合發展；推進生產性服務業功能區、服務機構、公***服務平臺建設。
（十六）市場體系建設科。
擬訂健全、規範市場體系的政策；擬訂商品交易市場規劃並指導城市商業網點規劃、商業體系建設，推進農貿市場升級改造；承擔規範市場經濟秩序的相關工作；培育發展城鄉市場，推進農村市場和農產品交易體系建設；監測分析商品市場運行狀況，進行預測預警和信息引導；建立健全生活必需品市場供應應急管理機制；承擔部分重要消費品儲備（肉、食糖等）的管理和市場調控工作。
（十七）商貿流通科（市酒類專賣管理辦公室）。
擬訂流通服務業的行業發展規劃，組織推動流通業產業結構調整和流通體制改革；對商貿服務業（含批發、零售、餐飲業等）進行行業管理；推行連鎖經營等現代流通方式；指導和管理再生資源回收工作、依法對拍賣、典當、汽車流通和舊貨流通業等進行監督管理；承擔酒類流通、生豬屠宰行業管理的相關工作；承擔鹽業行業管理工作。
（十八）經濟技術合作科。
指導、幫助本市企業開拓國內外市場；研究並擬訂對外經濟、科技合作與交流的政策措施；負責國家、省科技管理部門國際科技合作項目和“國際科技合作基地”的申報和管理工作；負責科技興貿工作；協助政府間及有關國際組織間的科技合作相關工作；依法審核或轉報市內企業對外投資開辦企業（金融企業除外）；負責技術進出口和軟件出口的登記工作；負責協調、管理駐國（境）外的各類經營機構，指導海外市場開發並規範經營秩序；依法管理和監督對外承包工程、對外勞務合作、對外援助，負責外派勞務和境外就業人員的權益保護工作；承擔境外就業管理職責；負責全國各地、中央各部門、各企業在珠海設立辦事機構的協調管理。
（十九）外貿發展科。
推動實施出口市場多元化戰略；管理境內外經貿交易會、展覽會以及赴國（境）外舉辦展銷會、洽談會等活動；承擔進出口企業經營資格及國際貨運代理資格備案工作；依法審核企業申請限制類商品進出口經營資質；組織實施重要工業品、原材料和重要農產品（除糧食、棉花外）進出口計劃以及進出口商品配額、關稅配額計劃；根據授權辦理有關進出口許可證事項；協調對臺貿易和供應港澳的配額商品工作；負責協調、落實出口退稅、外匯核銷、出口信貸等工作；負責外貿出口專項資金的管理和組織實施；指導和管理珠海市進出口商會工作。
（二十）加工貿易科。
貫徹執行國家和省頒布的加工貿易政策法規和實施意見，審批、核準市屬權限的加工貿易業務;宏觀管理和指導全市加工貿易工作，編報我市外商投資企業涉及國家實行配額許可證管理商品的年度進出口計劃並組織實施；指導和組織實施加工貿易企業擴大內銷、延伸產業鏈等各項計劃，推動我市加工貿易實現轉型升級；統籌全市各類海關特殊監管區域的聯動發展工作，協調解決各類海關特殊監管區域發展中的重大問題。
（二十壹）公平貿易科（市機電產品進出口辦公室）。
管理和執行國家頒布的機電產品進口目錄，簽發機電產品進口自動許可證；負責機電產品國際招標的監督和協調辦理授權的許可事項和相關轉報事項的審核工作；承擔促進機電產品開拓國際市場的有關工作；辦理對外貿易經營者備案登記手續；起草公平貿易方面地方性法規、規章草案；會同有關部門處理涉外知識產權和貿易糾紛；負責反傾銷、反補貼、保障措施和產業損害調查等涉及進出口公平貿易的相關工作；指導應對國外技術貿易壁壘；負責公平貿易專項資金的管理和組織實施；負責征信體系建設相關工作；負責CEPA相關政策的宣傳、落實和檢查工作，負責與CEPA上級主管部門和港澳有關機構的溝通、對接。
（二十二）外資管理科。
擬訂外商投資發展規劃，擬訂外商投資政策和管理規章；依據法律規定在權限範圍內審批、核準、轉報外商投資項目設立、合同章程及其變更事項；核發外商投資企業、港澳臺投資企業批準證書及權限範圍內鼓勵類外商投資項目確認書，負責外商投資企業後續管理和服務工作；依法監督檢查外商投資企業執行法律法規和合同、章程的情況並協調解決有關糾紛和投訴工作；擬訂並組織實施服務外包發展規劃、政策和企業認定工作；統籌指導全市外商投資項目審批工作；指導珠海外商投資企業協會工作。
（二十三）信息化推進科。
組織編制電子信息產業規劃並組織實施；指導電子信息制造、軟件和信息服務業的發展；貫徹執行國家、省有關電子信息產品及信息服務的技術規範和標準；推動軟件產業公***服務體系建設；促進社會各領域信息化建設；推進電子政務建設；協調信息安全保障體系建設；負責組織實施電子信息技術領域各類別項目；指導軟件企業認定和軟件產品登記工作；指導市信息化辦公室工作；承擔市信息化工作領導小組的日常工作。
（二十四）無線電管理科。
編制無線電管理基礎設施建設規劃、計劃並組織實施；負責市無線電頻率的指配工作；依法管理無線電臺（站）及站址資源；核發和審驗無線電臺（站）執照；管理無線電發射設備的研制、生產、進口和銷售；組織無線電監測、檢測工作；協調處理境內外無線電電磁幹擾事宜;負責珠港澳邊界地區無線電頻率協調；依法組織實施無線電管制；保障重大活動無線電業務安全；依法實施無線電行政執法和監督檢查；負責無線電頻率資源占用費的征收和中央財政轉移支付經費的使用和監管工作；指導市無線電監測站工作；承擔市無線電管理辦公室的日常工作。
（二十五）地震科。
貫徹落實國家和省防震減災工作的方針、政策、法規和規章，擬訂相關的地方性法規、規章並監督實施；組織制定我市防震減災中長期發展規劃和年度工作計劃並組織實施；管理全市地震監測預報工作；管理全市地震烈度區劃和震害預測工作；管理全市以地震動參數和烈度表述的抗震設防工作,指導和監督全市重大工程以及重要設施的抗震設防工作；指導全市各區防震減災工作。
（二十六）人事監察科。
負責紀檢、監察、審計、精神文明建設工作；負責機關和指導直屬單位的黨群、人事管理、教育、培訓、安全保衛等工作；負責機關和指導直屬單位離退休人員管理和服務工作；負責承擔企業經營管理人才隊伍建設的有關工作，統籌落實企業經營管理人才隊伍建設規劃，提出加強人才隊伍建設的意見建議。
（二十七）新經濟組織工作委員會辦公室。
負責全市新經濟組織黨建工作的協調與指導；負責組織制定全市新經濟組織黨建工作發展計劃、工作方案和相關措施；負責全市新經濟組織黨建工作有關數據的統計、匯總、上報工作；負責直屬黨組織範圍內的黨組織設置、黨組織負責人的任免、獎懲的承辦、黨員發展與審批、接轉組織關系等黨務工作；負責指導、協調、督促市管黨建指導員在各級黨組織開展黨建工作；負責中央黨建領導小組秘書組珠海新經濟組織黨建聯系點工作；負責調查了解全市新經濟組織貫徹執行黨的方針、政策情況，及時發現新情況、新問題，總結新經驗，提出意見和建議供決策參考；負責編輯《黨建新領域》（珠海市新經濟組織黨的建設聯系點工作簡報），編寫新經濟組織黨建工作信息；負責新經濟組織工作委員會機關日常行政事務工作。