2．兩者獨立性不同。內部審計為組織內部服務，接受總經理或董事會的領導，獨立性較弱。註冊會計師審計為需要可靠信息的第三方提供服務，不受被審計單位管理層的領導和制約，獨立性較強。
3．兩者接受審計的自願程度不同。內部審計是代表總經理或董事會實施的組織內部監督，是內部控制制度的重要組成部分，單位內部的組織必須接受內部審計人員的監督。註冊會計師審計是以獨立的第三方對被審計單位進行的審計，委托人可自由選擇會計師事務所。
4．兩者遵循的審計標準不同。內部審計人員遵循的是內部審計準則；而註冊會計師遵循的是註冊會計師審計準則。
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