坐落在天柱山南大門谷口鳳形山上的三祖寺，為梁代高僧寶誌於南梁天監四年（公元505年），與江南雲遊方士白鶴道人鬥法，卓錫谷口鳳形山，首創山谷寺。南朝末年，北齊高僧禪宗三祖僧璨受二祖慧可衣法後，為避免罹北周滅佛之禍，只身南徙，隱居於此20余年，傳衣四祖道信並完成了他的畢生著作《信心銘》，從而保存並傳付了菩提達摩從西竺傳入東土的“楞伽”裔脈，奠定了中國佛教禪宗初期的組織形式和理論基礎，使之發展成為今天極具國內外影響的佛教最大宗派。1979年，國家宗教文物管理部門先後多次撥款修葺三祖寺;1981年9月，安徽省人民政府將留有王安石、黃庭堅等唐宋以來名家石刻128幅的山谷流泉摩崖石刻和覺寂塔列為省重點文物保護單位；1983年4月，國務院批準三祖寺為全國漢族地區重點開放寺廟之壹。如今，三祖寺梵宇輝煌，金殿交碧，祖庭重輝，宗風光大。三祖寺位於潛山縣城西北9公裏的天柱山麓，此地群山環抱，溪谷幽深，山谷中突起壹峰，三祖寺建於其上，故又有山谷寺之名。自南北朝以來，歷史壹許多文人墨客紛踏而至，在祖寺西側的山谷之中，至今仍留有李德修、王安石、蘇東坡、黃庭堅、李公麟等唐宋以來300多塊名人石刻。
中華人民***和國成立以後，寺宇寮房先後被用作學校和農村幹部培訓班。1957年，國營天柱山林場建立，三祖寺被並入林場。“文化大革命”中，寺內佛像、經籍盡被付之壹炬。1979年以後，三祖寺獲準開放。1981年9月，安徽省人民政府公布覺寂塔為全省重點言文物保護單位；1983年4月，國務院公布三祖寺為全國漢族地區重點開放寺廟之壹。十幾年來，在各級人民政府的關心支持下，三祖寺漸次得到了修復和發展。從1987年起至1996年的10年間，三祖寺先後建成了千佛殿、大雄寶殿、天王殿、山門殿、尊客堂、法堂、上賓寮、東寮房、西寮房、塔院東寮樓、圓通門、海會堂等殿宇及配套設施，總建築面積達7000余平方米，總投資達1100余萬元。今日三祖寺，塔剎高聳，金殿交碧，爐香裊繞，鐘磬齊鳴，三祖宗風，千載猶存。 自唐宋以來，三祖寺壹直是禪宗南派舒州壹方的叢林，按叢林規制而容納十方僧眾，其住持人須由住寺僧眾公認，由十方名德的合適者擔任，故三祖寺史屬“十方叢林”。據《大乘義章》卷十三稱：叢林“能生智慧、神通等功德”，因而三祖寺亦稱“功德叢林”。三祖寺的叢林組織，按十方叢林規制，設置禪堂、客堂、庫房、衣缽寮四大堂口歸口管理，並根據四大堂口的寺務分工，在住持以下，設東、西兩序，分別由監院和知客負責。
佛像，是佛教徙舉行宗教儀式時頂禮膜拜的重要的精神象征。中國禪宗自六祖惠能以後，僧徙僅以道法相傳，多穴處巖居，或寄於律宗別院，不立佛像，不參禪拜佛，齟齬時生。馬祖道壹乃創叢林，以安禪侶；百丈懷海制定清規、肅整禪風，叢林之制，漸次興盛；佛像供置，復踏正軌。三祖寺的佛像，民國以前無史料可考；民國間的佛像，盡毀於“文化大革命”，無壹幸免。1979年以後至今，由簡陋而豐富。1985年以前，僅有數尊經改制和信眾敬獻的木刻佛像，且規格較小。1988年，緬甸仰光妙明法師贈送壹尊40厘米高的玉石佛像；1993年，又增加了壹尊5.5米高的漢白玉釋迦像和2.5米高的漢白玉迦葉、阿難像。1996年，三祖寺又投資50萬元，先後鑄成銅質釋迦太子、彌勒、千手千眼觀音，韋馱、達摩、慧可、僧璨、寶誌像，每尊重量達300公斤，使三祖寺的佛像供置，達到了壹個新的歷史水平。
佛教經典是佛教徙進行修持、求得無上智慧、達到真如境界的理論基礎和思想武器。它包括經、律、論三部分。經，是由佛陀說出，由其弟子集成的佛的言論，後被譯成漢文，取名曰“經”。律，是印度早期佛教時由佛陀及其弟子制定並陸續完善的各種戒律。論，是後世僧人對於經、律理義的詮釋、闡發以及對於佛教哲學思想的探討、研究的言論和文章。經、律、論的總集，則是《大藏經》。1990年，臺灣佛教協會通過全國佛教協會趙樸初會長轉贈給三祖寺壹套漢譯縮印本《大藏經》，珍藏在藏經閣內。從此，三祖寺有了壹套完整的佛教經典而傳延後世。
佛事活動，是佛教徙按照佛教儀規所舉行的壹種宗教儀式，並根據佛教各宗派的特點，有其佛事活動的特色。三祖寺佛事活動的開展，均按禪林規制舉行，並同時開展漢地佛教寺院***同開展的佛事活動，以及對外交流活動。在三祖寺的佛事活動中，尤以阿彌陀佛的聖誕日紀念活動|——“彌陀七”最為隆重，它是三祖寺十幾年來最活躍、規模最大的佛事活動。佛教徙的“三皈依”、居士的“五戒”也都在“彌陀七”這場佛事活動中舉行。 改革開放以來，隨著人們生活水平的逐漸提高，千百年來流傳在民間的各種習俗越來越被人們所事視，有相當壹部分習谷活動在三祖寺舉行。正月初壹，數萬計的社會青年擁到三祖寺“出行”，拜佛年，圖在新的壹年裏吉祥平安，萬事亨通；三月初三，民間傳說是三祖僧璨的誕日，江南、江北皖、鄂等省的信徙，結成壹支支數百人的“朝山”隊伍，專車來三祖寺。禮謁三祖，謂之“百子香”；九月初九，金秋重陽，壹些老人結伴登山禮佛，吟詩唱和。這些，又給今日三祖寺增添了壹個新的佛事活動內容——民俗佛事。