加強知識產權運用和保護，完善技術創新激勵機制，探索設立知識產權法院。打破行政主導和部門分割，建立主要由市場決定技術創新項目、資金分配和評價結果的機制。發展技術市場，完善技術轉移機制，改善科技型中小企業融資條件，完善風險投資機制，創新商業模式，促進科技成果資本化和產業化。
整合科技規劃和資源，完善政府對基礎性、戰略性、前沿性科學研究和技術研究的支持機制。凡按規定應開放的國家重大科研基礎設施，壹律向社會開放。建立創新調查制度和創新報告制度，構建公開透明的國家科研資源管理和項目評估機制。
改革院士遴選和管理制度，優化學科布局，提高中青年人才比例，實行院士退休和退出制度。