（壹）科技型中小企業
科技型中小企業評價辦法由科技部、財政部、國家稅務總局研究制定，是指依托壹定數量的科技人員從事科學技術研究開發活動，取得自主知識產權並將其轉化為高新技術產品或服務，從而實現可持續發展的中小企業。
（二）創新型中小企業
創新型中小企業評價由工信部研究制定，是指具有較高專業化水平、較強創新能力和發展潛力的企業，是優質中小企業的基礎力量。
二、認定條件不同
創新型中小企業直通車的申報條件相較於科技型中小企業更為廣泛壹般來說，企業若能滿足科技型中小企業直通車的申報條件，則也可滿足創新型中小企業直通車的申報條件。
科技型中小企業和創新型中小企業均要求綜合評價所得分值不低於60分，但是限制性要求上有所差異。
從指標數量來看，科技型型中小企業評價指標具體包括科技人員、研發投入、科技成果三類；創新型中小企業評價指標包括創新能力、成長性、專業化三類六個指標。
從指標設置來看，科技型中小企業和創新型中小企業非直通車條件均關註知識產權數量、研發費用占比。
此外，創新型中小企業非直通車認定條件還側重關註企業主營業務收入情況、資產負債情況和企業所屬行業情況。而科技型中小企業非直通車認定條件則側重關註科技人員數量。
三、政策支持不同
（壹）科技型中小企業
1.稅收減免：科技型中小企業加計扣除比例從75%提高到100%。
2.虧損結轉年限延長：具備資格年度之前5個年度發生的尚未彌補完的虧損，準予結轉以後年度彌補，最長結轉年限由5年延長至10年。
3.高企後備軍：評價工作與高新技術企業培育、科技企業孵化器績效評價、創新創業大賽等工作協同。
4.科技金融精準服務：為有融資需求的科技型中小企業提供科技成果轉化貸款貼息服務，通過科技型中小企業信貸風險補償資金池、科技小額貸款公司放貸業務等方式為入庫企業提供科技金融精準對接服務。
5.提升品牌影響力：科技型中小企業是企業創新能力“認證”標誌。成為科技型中小企業，可有效提升企業品牌形象，有利於企業人才招募、項目招投標、科技項目申報、研發機構建立、申領創新券等工作。
（二）創新型中小企業
創新型中小企業是專精特新中小企業申報的前置項。
四、有效期不同
（壹）科技型中小企業
科技型中小企業認定編號僅申報當年有效。
（二）創新型中小企業
創新型中小企業有效期為三年，每次到期後由企業重新登錄培育平臺進行自評，經省級中小企業主管部門審核（含實地抽查）通過後，有效期延長三年。