1，租金收入
孵化器為在孵企業提供活動和運營的場所。目前，物業租金收入是國內很多創業孵化器的主要收入來源，是通過為孵化企業提供場地服務獲得的。為了吸引更多企業入駐，壹般來說，創業孵化器通常會降低房屋租賃價格，租賃價格與周邊價格持平或略低。
2.服務收入
孵化器可以通過提供物業服務、行政服務(如打字、復印等)獲得收入。)、各種代理手續、管理咨詢服務(法律、營銷、財務等。)，培訓，各種中介等。
集中商務服務(如會議室、打字、復印、電話、網絡等。)對於每個企業的正常運轉都是必要的。企業孵化器通過提供* * * *享受的創業服務，可以充分實現規模經濟，幫助在孵企業節省固定資產投資和人員雇傭成本。
從孵化器的實踐來看，孵化器發展初期的服務收入主要是物業和各種代理手續、行政服務，管理咨詢等專業服務收入較少。隨著孵化器行業的快速發展，孵化器對內部管理團隊的素質要求不斷提高，為孵化器企業提供的管理咨詢服務越來越多，相應的收入也在增加。
3.政府補貼
企業孵化器經營的產品是科技型企業。通過發展科技型企業，幫助政府改變當地產業結構，增加當地就業，建立新的創新體系。這正是政府發展區域經濟所需要的。因此，地方政府會為孵化器的建設提供政策支持或各種形式的補貼。
4.投資收益
初創企業壹般都有資金需求，對各種融資渠道不太了解，需要創業孵化器提供投融資服務。企業孵化器投資企業的資金來源壹般是政府扶持資金和孵化器正常運轉積累的資金。
風險投資將孵化器的利益與在孵企業的利益緊密聯系在壹起。隨著中國資本市場的發展，風險投資與孵化器的結合將是壹種值得探索的商業模式，其創造的效益將大於其獨立運作所產生的經濟效益。
企業孵化器需要設立以下部門:
1.項目投資促進部:招商引資、項目洽談、企業入駐審批、收集各類科技經濟信息和市場情報、推薦投資合作項目、翻譯文件、為外資企業提供工商登記等服務。
2.行業服務部:企業生產、科研、營銷、財務管理、知識產權、標準化全流程服務，內資企業工商登記、稅務登記“壹站式”服務。
入駐企業畢業認證，協助申報高新技術企業、產品和各類項目，研究企業發展模式，指導培訓入駐企業進行現代化管理，做好企業數據統計和科技中介機構管理工作。
3.綜合服務部:對外宣傳、接待、文秘、檔案、內部財務管理、信息調研、內部管理等。
4.物業管理部:孵化基地的水、電、設備、環境衛生、安全。企業規劃等壹系列物業物流配套服務。
5.信息部:孵化基地的計算機網絡管理及相關專業技術信息服務。