電子工程系始建於1960 年，重建於1982 年，現屬於信息科學與工程學院。電子工程系具有較強的科研、教學師資力量，現有中國工程院院士1名，教授10名(博士生導師7名)，副教授與高級工程師12名。
學科研究富有特色，電路與系統、生物醫學工程分別為國家重點學科和上海市重點學科，都具有碩士點、博士點及博士後流動站。現設有復旦大學生物醫學工程研究所、復旦大學生物醫學工程中心和數字技術研究中心及電子學教學實驗中心。電子工程系學科研究方向廣泛，其中醫學超聲工程等研究方向處於國內領先地位，有壹定國際影響；圖像與智能信息處理、數字系統理論與通信技術、人工智能和神經網絡、心臟起搏與電生理、醫學信號處理、復雜網絡理論與應用等研究方向有較大國內影響。多年來，承擔了大量國家重點攻關項目、國家自然科學基金項目、部委省市級科研項目，均取得優秀成果。
電子工程系特別註重培養研究生、本科生堅實數理基礎、開拓進取創新意識、較強的動手能力和獨立工作能力。電工系歷屆學生參加全國大學生挑戰杯競賽，全國研究生電子設計競賽，均連續獲得優異成績。參加全國大學生電子設計競賽年年獲獎，2004 年壹舉奪冠，捧INTEL 杯。本科生、研究生畢業去向主要為赴國外深造，或在高校、重要科研單位以及電子行業國內外大型企業、公司研究部門承擔教學或研究、開發等工作。 復旦大學是我國最早開展光學與激光科學技術的高校之壹。光科學與工程系的前身是1952年由我國著名光學專家周同慶教授創辦的固體發光與光譜實驗室，在此基礎上，1953年正式成立了光學教研組。1953年成功研制了第壹只國產X光管，1963年研制成功國內高校第壹臺氦氖激光器。1970年成立光學系和光學工廠，此後更名為激光物理研究室。1984年設立“光學”博士點，1988年起被列為國家重點學科。1992年，光學博士點接受國家教委評估，位列全國高校第壹名。2000年激光物理研究室並入信息科學與工程學院，成立光科學與工程系。2003年設立光學工程碩士點，2011年設立光學工程博士點。研究基地還有“復旦大學上海超精密光學制造工程技術研究中心”以及“微納光子結構教育部重點實驗室”。
復旦大學光學與光學工程學科的發展緊跟國際科學前沿並積極面向國家產業和國防發展的需求，目前的研究集中在以下四個研究方向：光學工程、光信息科學與技術、新型光伏器件與材料和光生物醫學。 通信科學與工程系成立於2000年5月。現有教授4人（其中校特聘教授1人、博導2人）、副教授6人，年輕教師占50%以上。
通信科學與工程系設有復旦-朗訊貝爾信息科學與技術聯合實驗室、復旦-Intel多媒體通信技術中心、復旦-TI DSPS實驗室、復旦-上海郵電 C&C聯合實驗室(與計算機系合作)、遙感與散射研究中心及國家高性能計算中心（上海）等設備先進的研究基地，近年還將建設移動通信研究室、IP網絡實時通信技術研究室、網絡和網絡安全技術研究室、光纖通信研究室、DSPS開放實驗室等。 復旦大學微電子學院（簡稱學院）成立於2013年4月，是由原“微電子研究院”、“信息學院微電子學系”和“985微納電子科技創新平臺”合並而成，也是復旦大學積極響應“國家急需，世界壹流”號召，發展工科“先行先試”的首個改革試點單位，是直屬於學校領導的教學科研實體單位。
學院擁有的“微電子學與固體電子學”學科，其前身是1958年由謝希德教授創辦的半導體物理專業，1984年設立博士點，1988年成為國家重點學科。學院擁有“專用集成電路與系統”國家重點實驗室（1992年），具備國際壹流的軟硬件設計環境。學院承擔著推動國家集成電路產業技術創新“抓住不放、實現跨越”的發展重任，以科學前沿和重大需求來驅動基礎研究、先導研究和應用研究的有機銜接,著眼於培養國際壹流的集成電路高級技術人才，解決集成電路領域國家重大需求和學科前沿問題，努力建設成為國際先進水平的集成電路人才培養與科研相結合的平臺。 復旦大學微電子研究院是在國家教育部、國家計委、上海市政府的關懷下，經上海市計委批準於2002年成立，是我國特別是上海地區微電子人才培養和微電子技術研發的重要基地之壹。
研究院依托復旦大學“微電子學與固體電子學” 學科幾十年的積累，有雄厚的技術和學術優勢，是國家重點學科、“211工程”建設學科、復旦大學“985工程、重中之重”建設學科，擁有全國唯壹的“專用集成電路和系統國家重點實驗室(復旦大學)”，其所在壹級學科具有博士學位授予權和博士後流動站，與國際知名公司建立了聯合實驗室，擁有先進的公***實驗平臺和各類達到國際先進水平的設計軟、硬件系統。 復旦大學專用集成電路與系統實驗室（ASIC國家重點實驗室）是於1992年由國家計委批準建立、利用世界銀行貸款籌建的國家重點實驗室，是我國唯壹的專門從事集成電路設計研究的國家重點實驗室。1995年9月實驗室通過國家驗收，2002年和2007年，分別通過了科技部的評估。實驗室依托復旦大學微電子學與固體電子學、電路與系統兩個國家重點學科，所屬壹級學科電子科學與技術也被列入全國重點學科，設有博士點、碩士點，以及博士後流動站。
實驗室的總體定位是：以微電子、集成電路計算機輔助設計和電路系統理論方法為基礎，發揮多學科綜合和交叉優勢，面向微納電子領域國際發展主流及國家戰略需求，圍繞集成電路這壹關系到我國國民經濟和社會發展等重大關鍵問題，開展專用集成電路設計方法與系統集成技術的創新研究。目標是解決電路、系統集成以及與設計相關的器件工藝中的前沿理論問題和關鍵技術難點，開發具有自主知識產權的、用於先進電子系統的芯片技術；培養壹大批適應新世紀集成電路發展需求的高層次人才；面向國際國內、堅持開放，為提升我國集成電路設計總體水平作出應有貢獻，成為我國集成電路設計研究、產業發展以及高層次人才培養的最重要基地之壹。
實驗室根據國家戰略目標和國際集成電路SOC技術的發展趨勢，針對超深亞微米、納米、超高速、超低功耗、數模混合集成電路的設計理論、方法和技術的前沿問題，將研究方向凝練為：集成電路系統級芯片（SoC）設計、集成電路計算機輔助設計、超深亞微米/納米器件與制造、微電子機械系統。 研究方向：復雜介質中電磁波散射傳播與輻射傳輸（Electromagnetic Wave Scattering and Proragetion, Radiative Transfer in Complex Media），星載微波遙感信息理論方法與應用技術（Satellite-Borne Microwave Remote Sensing Information Theory , Method and Application Technology），復雜系統中計算電磁學（Computational Electromagnetics in Complex Systems）。