黃埔港屬於黃埔海關而不是廣州海關，東莞港也屬於黃埔海關。
廣州海關內設機構18個，派出機構20個，其中副局級派出機構2個。此外，總局外腦組織2個，事業單位3個，群眾組織4個。全關公務員3772人。關區內有13個壹類口岸，27個二類口岸，64個監管點。
廣州海關監管業務分為海運、陸運、空運、郵政運輸和其他業務。監管的運輸工具包括國際航行船舶、往來港澳船舶、航空運輸工具、陸路火車、汽車等。監管貿易方式包括壹般貿易、加工貿易和轉口貿易。
在航空運輸港方面，新白雲國際機場是按照國際樞紐機場理念設計建設的現代化機場，按照中心結構模式運營。水運口岸方面，廣州海關轄區內共有7個壹類水運口岸，包括12碼頭、6個客運口岸、6個貨運碼頭。
陸路轉關車輛檢驗場方面，廣州海關轄區內深圳、拱北公路口岸為分流車貨而設立的車輛檢驗場19個。鐵路口岸方面，廣州海關轄區內的鐵路口岸主要有天河火車站、佛山火車站、肇慶火車站；在國際郵件交換站方面，由廣州海關監管的劉樺郵政局是中國三大國際郵件交換站之壹。
此外，廣州海關在珠江口大鏟島設立中途監管站，對進出港澳的小型船舶實施中途監管。
黃埔港屬於黃埔海關而不是廣州海關，東莞港也屬於黃埔海關。
廣州海關子系統包括:辦公室、法規部、單證審查部、加拿大貿易監管部、監管通關部、郵政監管部、綜合統計部、技術部、稽查部、風險管理部、企業管理部、緝私局、政治部、人事部、教育廳、財務部、監察內審部、監察室、思政室、退休室、郵局、蘿崗室。廣州白雲機場海關、佛山海關、番禺海關、南沙海關、肇慶海關、韶關海關、清遠海關、花都海關、大鏟海關、從化海關、雲浮海關、河源海關。