技術中心：是三金藥業的技術管理和新產品研究開發的機構。經過幾年的發展與完善,三金藥業技術中心已經成為包括新藥開發和產業化研究兩大平臺以及相關職能管理部門，功能配套體系完備、結構合理、設施先進的現代化企業技術中心。技術中心在企業負責人的直接領導下，開發了以三金牌西瓜霜系列和三金片系列兩大中藥品牌。西瓜霜系列產品被國家質量檢驗檢疫總局列為原產地標記保護品種。2001年12月，經國家經貿委和中科院企業技術評價中心嚴格的資格審查，三金藥業技術中心被正式認定為國家級企業技術中心。同年被國家人事部授權建立企業博士後科研工作站。技術中心下設中心辦公室、生產技術處和藥物研究所三個職能機構。
藥物研究所：由藥物篩選研究中心、天然藥物研究中心、現代中藥新藥研究中心、制劑研究中心等組成。多學科人員，專業門類齊全，擁有較強的技術力量，在技術創新上擁有豐富的經驗和較強的開發能力。
藥物研究所的功能是:1、應用現代技術手段，結合傳統中醫藥理論，立足於廣西中草藥資源，開發具有自主知識產權的現代中藥新藥。2、對公司老產品進行二次創新。通過對老產品工藝改進和質量標準提高的再研究，提高老產品技術含量和市場競爭力。3、對上市品種進行基礎研究，為市場提供技術支持。4、致力於中藥有效成分提取、分離、定性、定量等研究，開發具有自主知識產權的天然藥物。5、開展新工藝、新劑型研究。6、開展藥物篩選，為新藥開發提供實驗依據，為新藥研究指出方向。7、開展廣西特色中藥資源研究，指導GAP基地建設。
投資3500萬元的新科研大樓可以從事片劑、膠囊劑、散劑、丸劑、顆粒劑、滴丸劑、栓劑、註射劑、軟膠囊劑等制劑研究；有超臨界萃取、大孔樹脂分離、膜分離、冷凍幹燥、超聲提取、超細（氣流）粉碎等工藝技術研究；擁有的先進檢測儀器有：美國WATERS高效液相色譜儀、SP高效液相色譜儀、惠譜（HP）和美國PE氣相色譜儀、卡瑪SCANNER3薄層掃描儀、PE原子吸收分光光度儀等。
公司為了取得長久競爭優勢，確定了企業中長期規劃和企業發展戰略，中長期規劃是：建立國內領先、國際壹流的中藥、天然藥為主的生產企業；發展戰略為：堅持以中醫藥理論為指導，現代科學技術為手段，廣西豐富的中草藥和壯族少數民族醫藥資源為依托，開發安全、有效、質量可控、市場空白或緊缺、有三金特色的有獨立知識產權的現代中成藥。在企業中長期規劃的基礎上，制定科技與經濟結合的創新發展計劃，形成了三金“四維”梯隊科技開發戰略，新產品研發形成“生產壹批，貯備壹批，研制壹批，構思壹批”的良性循環；老產品開發形成“產壹代，拿壹代，研壹代，想壹代”格局；生產開發呈現“播壹批種，選壹批苗，育壹批材”的態勢，技術開發形成傳統技術、壹般技術、先進的高新技術相結合的多層次結構。技術中心還就當前國內外形勢和企業本身狀況，不斷地完善企業技術創新戰略，提出技術創新戰略是以中藥、天然藥的研究開發為技術創新的主要方向，以生物藥、功能保健食品、日化用品等為輔助創新方向，以技術中心為平臺，從基礎技術工藝到產品創新，不斷提高企業的原創力和科技含量，最終提高企業的核心競爭力。