海關總署是國務院直屬機構，負責全國海關的統壹管理。
海關總署貫徹落實黨中央關於海關工作的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對海關工作的集中統壹領導。主要職責是:
(壹)負責全國海關工作。擬訂海關政策(含出入境檢驗檢疫，下同)，起草相關法律法規，制定海關規劃、部門規章和相關技術規範。
(二)負責組織推進口岸“大通關”建設。會同有關部門制定港口管理規章制度，組織制定港口發展規劃並協調實施，牽頭制定港口安全聯防聯控制度，協調港口相關信息的收集、風險分析、研判和處置。協調各部門在口岸通關方面的工作關系，指導和協調地方政府的口岸工作。
(三)負責海關監管。制定並組織實施進出境運輸工具、貨物、物品監管制度。根據需要承擔與技術性貿易措施有關的工作。依法實施進出口貿易管理政策，負責知識產權海關保護，負責海關標誌管理。組織實施海關管理中的反恐、維穩、防擴散、出口管制等工作。
制定加工貿易等保稅業務的海關監管制度並組織實施，牽頭審核海關特殊監管區域的設立和調整。
(四)負責進出口關稅和其他稅費的征收管理。擬訂征管制度，制定進出口商品分類目錄，並組織實施和解釋。牽頭開展原產地規則多邊和雙邊談判，制定進出口商品原產地規則，依法負責簽證管理的組織實施。依法實施反傾銷、反補貼、保障措施等關稅措施。
(五)負責出入境衛生檢疫，出入境動植物及其產品的檢驗檢疫。收集分析境外疫情，組織實施口岸處置措施，承擔口岸突發公共衛生事件的相關工作。
(六)負責進出口商品的法定檢驗。監督管理進出口商品的鑒定、驗證、質量和安全。負責進口食品、化妝品的檢驗檢疫和監督管理，根據多雙邊協議實施出口食品的相關工作。
(七)負責海關風險管理。組織開展海關貿易調查、市場調查和風險監測，建立風險評估指標體系、風險監測、預警和跟蹤系統、風險管理防控機制。實施海關信用管理，負責海關稽查。
(八)負責全國進出口貿易和其他海關統計工作。發布海關統計信息和數據，組織動態監測和評估，建立進出口企業信息公共服務平臺。
(九)負責全國反走私工作的綜合管理。依法查處走私違法案件，負責所轄走私刑事案件的偵查、拘留、逮捕和預審，組織實施海關緝私工作。
(十)負責制定並組織實施海關科技發展規劃、實驗室建設和技術支持計劃。組織相關的科學研究和技術引進。
(十壹)負責海關領域的國際合作與交流。代表國家參加有關國際組織，簽署和履行有關國際合作協定、協議和議定書。
(十二)全國海關垂直管理。
(十三)完成黨中央、國務院交辦的其他任務。
(14)職能轉變。
(十五)職責分工。