基金設有“科學與技術成就獎”、“科學與技術進步獎”、“科學與技術創新獎”三個獎項。 授予在特定學科領域取得重大發明、發現和科技成果者，按學科領域分設數學力學獎、物理學獎、化學獎、天文學獎、氣象學獎、地球科學獎、生命科學獎、農學獎、醫學藥學獎、古生物學考古學獎和機械電力、電子信息、交通運輸、冶金材料、化學工程、資源環保、工程建設技術獎等17個獎項。“科學與技術進步獎”的評選主要考察被提名人近10年（即1998年以來）所做出的突出貢獻。
按學科領域分設下列獎項： 數學力學獎 物理學獎 化學獎 天文學獎 氣象學獎 地球科學獎 生命科學獎 農學獎 醫學、藥學獎 古生物學、考古學獎 機械電力技術獎 電子信息技術獎 交通運輸技術獎 冶金材料技術獎 化學工程技術獎 資源環保技術獎 工程建設技術獎 授予具有高水平科技成就而通過技術創新和管理創新，包括原始創新、集成創新、引進消化吸收再創新，創建自主知識產權產業和著名品牌，創造重大經濟效益和社會效益的傑出貢獻者。“
分設下列獎項： 青年創新獎
授予年齡在45周歲以下，在相關領域作出重要科技創新成果，取得突出經濟、社會效益的優秀青年科技人才。 產業創新獎
授予依靠重大創新，推進技術進步和產業升級，創建自主知識產權和著名民族品牌者。 區域創新獎
授予在內地、邊遠、艱苦地區，紮根基層，通過區域科技創新成果，對地方經濟社會發展做出傑出貢獻者。