壹、培養要求不同。
工學碩士：統招工科類研究生，側重於基礎理論學習和學術研究。
理學碩士：專攻理科方向（如數學、物理、力學、化學、生物學、天文學、地學等專業）的碩士研究生。
二、所屬科別不同。
工學碩士：工學碩士招收的是工科類專業的本科生。
理學碩士：理學碩士招收的是理科類專業的本科生。
碩士分類
學術碩士
我國學術型學位按招生學科門類分為哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、藝術學、農學、醫學、軍事學、管理等13大類，13大類下面再分為88個壹級學科，88個壹級學科下面再細分為300多個二級學科，同時還有招生單位自行設立的760多個二級學科。
碩士
專業碩士學位主要包括：工商管理碩士專業學位（MBA）、公***管理碩士專業學位（MPA）、工程碩士（ME）、法律碩士（J.M）、會計碩士專業學位（MPACC）、公***衛生碩士專業學位（MPH）、漢語國際教育碩士（MTCSOL）、農業碩士專業學位、獸醫碩士專業學位、教育碩士專業學位、藝術碩士專業學位、體育碩士專業學位、風景園林碩士專業學位等。
專業碩士是我國研究生教育的壹種形式。根據國務院學位委員會的定位，專業學位為具有職業背景的學位，培養特定職業高層次專門人才。