1，單位性質不同。
農村商業銀行是股份制商業銀行；農村信用社的性質是農村合作金融機構。
2.不同的股東。
農村商業銀行的股東是轄區內的農戶、農村工商戶、企業法人和其他經濟組織。農村信用社的股東是社員。
3.成立條件不同。
根據《農村商業銀行管理暫行規定》第八條，註冊資本不低於5000萬元人民幣，資本充足率達到8%；根據《農村信用社管理暫行規定》第八條規定，農村信用社的設立條件是註冊資本不低於500萬元。
擴展數據:
設立農村商業銀行的條件:
1，有符合本規定的章程；
2.發起人不少於500人；
3、註冊資本不低於5000萬元人民幣，資本充足率達到8%；
4.設立前，轄內農村信用社總資產6543.8+0億元以上，不良貸款比例在654.38+0.5%以下；
5.有具備崗位所需專業知識和業務經驗的高級管理人員；
6.有健全的組織機構和管理制度；
7.有符合要求的營業場所、安全防範措施和其他與業務有關的設施；
8.中國銀行業監督管理委員會規定的其他條件。
百度百科-省(自治區、直轄市)農村信用社管理暫行規定
百度百科-農村商業銀行管理暫行規定