建立壹個植物科學研究中心，
建立發生與更新科學綜合研究中心，
成立基因多態性研究中心。橫濱研究所由現有基因組科學綜合研究中心、新成立的基因變異研究中心和植物科學研究中心組成，實際上匯集了該研究所在人類和植物基因組、蛋白質和基因信息科學方面最先進的科學和技術研究部門。從5438年6月到2000年10月，360多位科學家開始在這裏從事基因科學的研究活動。生物資源研究中心成立於2001，
免疫學和過敏科學中心成立。2002年，中央研究所成立，神戶研究所成立。有發育生物學綜合研究中心和再生醫學綜合研究中心。2003年，理研進行了重組，建立了獨立行政法人機構建的跨學科合作研究體系，開辟了新的研究領域，進行了面向產業應用的“種子”研究。2004年，與業界共同建立了“綜合聯合研究系統”。日本國內企業提出研發課題，或公開征集、聯合選定新的研究課題，以整合理研的R&D能力與企業的能力，促進兩者在基礎和應用階段的結合。2005年，知識產權戰略中心成立，以適應社會需求，加速專利研究成果產業化。2005年7月，神戶研究所成立了傳染病研究網絡支援中心和放射線科學綜合研究中心，2006年4月成立了西名加速器研究中心。2006年6月，700米長的X射線自由電子激光60米原型機Spring-8研制成功，fRC、IRC、SRC於2007年4月在神戶成立分子影像研究所，放射性同位素工廠於2007年成立，RIBF於2008年3月+0998成立的基因組科學綜合研究中心關閉。2008年4月，發現研究所和尖端研究系統合並，成立了高級科學研究所(ASI)。
SNP研究中心並入基因組醫學中心，RIKEN-MIT神經回路遺傳學中心(CNCG)成立於2008年6月+10月，分子影像科學中心(CMIS)成立於2010年7月，高級計算科學研究所成立於2011年4月，定量生物學中心成立。