人文學院
新聞傳播學院
外文學院
藝術學院
國學研究院
海外教育學院
國際學院
社會科學學部（社科學部）
經濟學院
王亞南經濟研究院
管理學院
財務管理與會計研究院
法學院
廈門國際法高等研究院
知識產權研究院
公***事務學院
公***政策研究院
馬克思主義學院
國際關系學院
教育研究院
臺灣研究院
南洋研究院
海峽兩岸發展研究院
體育教學部
繼續教育學院
南海研究院
兩岸關系和平發展協同創新中心
高等教育質量建設協同創新中心
自然科學學部（理學部）
數學科學學院
物理科學與技術學院（理學部分）
化學化工學院（理學部分）
固體表面物理化學國家重點實驗室
能源材料化學協同創新中心
工程技術學部（工學部）
物理科學與技術學院（工學部分）
化學化工學院（工學部分）
信息科學與技術學院
軟件學院
材料學院
建築與土木工程學院
能源學院
薩本棟微米納米科學技術研究院
醇醚酯化工清潔生產國家工程實驗室
廈門大學生物仿生及軟物質研究院
航空航天學院
醫學與生命科學學部（醫學部）
生命科學學院
公***衛生學院
藥學院
醫學院
細胞應激生物學國家重點實驗室
分子疫苗學和分子診斷學國家重點實驗室
國家傳染病診斷試劑與疫苗工程技術研究中心
生物醫學研究院
附屬中山醫院
附屬第壹醫院
附屬東南醫院
附屬東方醫院
附屬廈門眼科中心
附屬成功醫院
附屬福州二院
附屬翔安醫院（附屬醫院籌備組）
廈大實驗動物中心
細胞生物學協同創新中心
地球科學與技術學部（地學部）
海洋與地球學院
環境與生態學院
海洋與海岸帶發展研究院
近海海洋環境科學國家重點實驗室