揭牌成立
2014年12月28日上午，上海市第三中級人民法院揭牌成立。上海知識產權法院同步揭牌。
合署辦公
按照“審判獨立、行政（黨務）合署”的原則， 上海市第三中級人民法院依托上海鐵路運輸中級法院設立，同時組建上海知識產權法院，與上海市第三中級人民法院合署辦公 ，實行“三塊牌子壹個機構”； 在內設機構上，根據審判工作的規律和需要，先行設立4個審判業務內設機構，其余將在中國中央編辦明確限額內再行設定；在黨組和行政管理上，設壹個黨組，行政、黨務、執行、法警等按照“三院合壹、統壹管理”的模式進行設置。
精簡原則
在機構設置和人員配備上體現了精簡原則，審判組織實行專業化、扁平化管理，人員實行分類管理，法官按員額制配備，實行審判責任制，庭長、副庭長直接審理案件，落實辦案終身負責制和錯案責任倒查問責制，推進以審判為中心的訴訟制度改革。
法官選任
通過公開選任程序從上海市法院具有較豐富的知識產權審判、行政審判經歷和審判經驗的人員中選任法官。首批獲得選任的10名知識產權法官，平均年齡為41．2歲，從事知識產權審判工作平均年限為8．4年。
案件管轄
案件管轄範圍——跨行政區劃。根據中國全國人大常委會的決定、中央政法委和最高人民法院的指導意見，上海高院已研究制定了跨行政區劃法院相關案件管轄的暫行規定等。自2015年1月1日起，上海三中院將依法管轄以市級人民政府為被告的壹審行政案件，以市級行政機關為上訴人、被上訴人的二審行政案件（不包括知識產權行政案件）；上海市人民檢察院第三分院提起公訴的案件以及由上級法院指定管轄的其他案件和原由鐵路中院受理的刑事、民事案件。上海知識產權法院將依法審理知識產權民事和行政案件。
案件審理
1、審理跨地區行政訴訟案件；
2、重大民商事案件；
3、重大環境資源保護案件；
4、重大食品藥品安全案件；
5、跨行政區劃檢察機關提起公訴的案件。
排除各種因素對審判工作的幹擾，解決立案難、審理難和執行難等突出問題。