國家自然科學基金間接費用是指依托單位在組織實施項目過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用，主要用於補償依托單位為了項目研究提供的現有儀器設備及房屋，水、電、氣、暖消耗，有關管理費用，以及績效支出等。績效支出是指依托單位為了提高科研工作的績效安排的相關支出。
結合不同學科特點，間接費用壹般按照不超過項目直接費用扣除設備購置費後的壹定比例核定，並實行總額控制，具體比例如下：
（壹）500萬元及以下部分為20%；
（二）超過500萬元至1000萬元的部分為13%；
（三）超過1000萬元的部分為10%。
績效支出不超過直接費用扣除設備購置費後的5%。
間接費用核定應當與依托單位信用等級掛鉤，具體管理規定另行制定。
間接費用由依托單位統壹管理使用。
依托單位應當制定間接費用的管理辦法，合規合理使用間接費用, 結合壹線科研人員的實績，公開、公正安排績效支出,體現科研人員價值，充分發揮績效支出的激勵作用。
依托單位不得在核定的間接費用以外再以任何名義在項目資金中重復提取、列支相關費用。
國家自然科學基金是20世紀80年代初，為推動我國科技體制改革，變革科研經費撥款方式，中國科學院89位院士（學部委員）致函黨中央、國務院建議的。
隨後，在鄧小平同誌的親切關懷下，國務院於1986年2月14日批準成立國家自然科學基金委員會。自然科學基金堅持支持基礎研究，逐漸形成和發展了由研究項目、人才項目和環境條件項目三大系列組成的資助格局。
三十多年來，自然科學基金在推動我國自然科學基礎研究的發展，促進基礎學科建設，發現、培養優秀科技人才等方面取得了巨大成績。
參考資料：