下面介紹生物分離技術和生物技術在食品工業中的應用進展。
生物分離技術中最常見的分離純化方法包括有機溶劑鹽析和分級沈澱、超濾、色譜、電泳和離心。
(1)用有機溶劑鹽析或分級沈澱:反應產物溶液中加入大量的氯化鈉、硫酸銨等可溶性鹽類，這些鹽類的離子能與大量的水結合，因此產物被鹽沈澱出來。在產品溶液中加入乙醇、丙酮等水溶性有機溶劑，往往會降低產品的溶解度，使產品沈澱。通過選擇適當的條件，可以分離產物和雜質。
(2)超濾技術:選擇合適孔徑的超濾膜或超濾中空纖維柱，通過過濾和加壓，使壹定大小的分子能水通過孔徑，而較大的分子被阻隔，從而分離產物。
(3)層析技術:利用濾紙、纖維素、樹脂、凝膠顆粒、多孔玻璃珠等填充載體或另壹種不同於溶劑的液相作為固定介質，對溶劑中不同的物質具有不同的結合力。當溶劑向前移動時，溶劑中不同的溶質可以相互分離。此外，還有根據分子大小的分子篩層析，根據解離能力和離子性質的離子交換層析，根據生物分子間的親和力的親和層析，根據兩相溶液間分配系數的差異的逆流分餾。
(4)電泳技術:帶電離子或粒子在電場的作用下向電擊方向運動。由於它們的電荷和質量不同，離子或粒子在電場中的運動速度不同，因此它們相互分離。凝膠電泳應用廣泛，毛細管電泳具有最靈敏的分析效果。
(5)細胞、細胞碎片和生物大分子在離心力場的作用下可以沈澱下來。離心機可以以低於10000轉/分鐘的低速沈澱細胞，以20000-30000轉/分鐘的高速沈澱細胞碎片，以超過30000轉/分鐘的超速離心沈澱生物大分子，克服分子熱運動。
生物技術在食品工業中的應用進展
益生菌:隨著益生菌平衡腸道菌群、改善腸道功能、調節免疫、增強消化功能、促進營養吸收、抗誘變和抗癌特性、抗氧化和延緩衰老、改善心血管系統等多種保健功能的不斷發現，目前，國際上對益生菌的研究非常活躍，尤其是日本、法國、美國等國家，已經形成了系統的專業研究隊伍。
國際上對益生菌的研究主要集中在益生菌促進人體健康的機理、益生菌的產業化和工業應用技術、更高品質或多功能益生菌的高效篩選和定向設計等方面。其研究成果在食品工業生產中的應用，極大地改善了人類健康，帶來了客觀的經濟效益。在中國，尤其是牛奶
益生菌已廣泛應用於產品和壹些功能性食品中。
在基礎研究方面，中國科學家取得了巨大成就。2008年7月，由內蒙古農業大學等單位承擔的益生菌幹酪乳桿菌基因組學和蛋白質基因組學研究項目通過鑒定，確定了益生菌幹酪乳桿菌染色體基因組和質粒基因組plca36的序列，從而準確定位了該菌株的益生菌功能基因，為進壹步研究其益生機理和在基因水平上開發應用相關產品奠定了基礎。這壹項目的完成標誌著我國對乳酸菌基因組學的研究達到了國際水平。同時，我國乳制品和發酵肉制品工業發酵劑菌種篩選取得重要進展。建立了從多菌肉類發酵體系中定向篩選特定菌種的高通數量技術平臺和國內首個具有自主知識產權的原始乳酸菌菌種資源庫，篩選出數十株具有優良生產特性和益生菌特性的乳酸菌菌株，為我國益生菌產品的開發奠定了強大的技術和菌源基礎。
代謝工程:在代謝工程的研究中，隨著研究和應用的深入，代謝工程的定義也在不斷更新。現在多定義為利用基因工程技術，有目的地修飾、改造或擴展細胞的代謝途徑，構建新的代謝途徑，從而改變微生物原有的代謝特性，並與微生物基因調控、代謝調控和生化工程相結合，提高目標代謝產物的活性或產量，合成新的代謝產物的工程科學。壹般來說，代謝工程是建立在代謝網絡理論的基礎上，通過對代謝流的定性和定量分析，代謝工程的設計包括改變代謝流、擴展代謝途徑和構建新的代謝途徑等方法，其核心是在分子水平上對目標基因或基因簇進行基因操縱，因此也被稱為第三代基因工程。
代謝工程主要包括三個步驟:細胞途徑的改造(合成)、改造後細胞表型的嚴格評估(表型表征)、根據評估結果設計進壹步改造(優化設計)。其中，性能表征的評價是在獲取大量生化反應數據的基礎上，運用化學和數學的研究方法結合先進的信息技術進行高通分析，進壹步研究細胞代謝的動態特性和控制機制，從而開發各種數學系統模型，輔助完善代謝工程設計。
隨著後基因組時代的到來，各種組學技術(基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、代謝組學、代謝通量組學等。)已廣泛應用於代謝工程的相關研究中。通過對細胞基因組以及細胞與微觀和宏觀環境條件的關系進行表型分析，代謝工程的研究已經從局部途徑水平上升到整體水平，可以更好地揭示生物體復雜的代謝網絡和調控機制。目前，在各級功能基因組學研究的基礎上，借助高通的實驗技術和生物信息學工具，通過整合各級基因組學研究的數據，建立數學模型，或通過比較不同品系或同壹品系在不同條件下不同水平基因組學的差異，闡明生命活動的規律，從而設計出用於代謝工程的多尺度系統生物學方法，已成為世界各國科學家關註的焦點。
生物反應器:在生物反應器的研究中，自動化、多功能、高效率的新型生物反應器是近年來研究的熱點。包括人工生物反應器和天然生物反應器，如微生物、動植物表達系統等。研究主要集中在將分離技術與生物反應過程相結合開發高效生物反應器，如超臨界反應器和膜反應器，並研究生物反應機理，開發反應過程參數傳感器，建立自動控制系統和數學模型等。其中，參數控制的研究和固體發酵生物反應器的開發是兩個重點研究領域。
安全檢測:此外，生物技術如酶聯免疫吸附試驗(ELISA)、聚合酶鏈反應(PCR)和DNA芯片技術在食品安全檢測中顯示出靈敏度高、特異性強、簡便快速的優勢，逐漸成為食品安全研究的重要方向。