據了解，十三五期間，科學儀器重大專項將在四個方面作重點開發：
第壹類，四十種關鍵核心部件，主要面向高端通用科學儀器和專業重大儀器對核心部件的需求，攻克關鍵核心部件的核心技術，形成自主知識產權的關鍵零部件產品。
1、光源、射線源等源部件;
2、探測器、傳感器;
3、分析、分離控制部件，如泵、閥等。
第二類，四類三十種以上高端通用儀器，強調符合國際上的科學儀器開發規範，更準、更快、便捷、自動化。
1、分析，科研、生物醫藥、食品藥品、農產品、環境等等重點領域廣泛使用的分析儀器，需求量大、嚴重依賴進口的儀器設備;
2、電子測量儀器;
3、物理性能測試儀器;
4、計量儀器。
第三類，三類四十種以上專業重大儀器。
1、支撐經濟與產業發展的，探傷檢測儀器，幾何測量儀器、地質測量儀器以及電池測量儀器等;
2、服務工業行業和民生改善的重要儀器設備，如環境檢測、食藥檢測、其他重要檢測專用儀器;
3、保障國家安全和公***安全的重要儀器設備。
相比之下，考慮到國民經濟和民生各領域的整體專項研發需求，十三五期間，國家對科學儀器重大專項的資助經費將較十二五期間有所減少。