受部委托，綜合事業局承擔以下職能：
（壹）承擔相關業務的政策、規章的調研及規劃的編制工作；承擔相關業務技術規程、規範、標準的調研及擬定工作。
（二）負責水利行業重大科技成果管理；組織科技推廣與獎勵工作；負責水利水電重大裝備和技術的研制開發和引進工作；承辦水利行業知識產權、科技保密、技術市場等管理工作。
（三）組織實施水利人才資源開發、人才培訓和職業技能鑒定工作。負責水利人才國際合作培訓項目的實施；承擔水利人事勞動工資統計工作；承擔水利人才開發服務體系建設、人事代理和人才信息系統建設與管理工作。
（四）承擔水利國際經濟技術交流與合作工作；承擔水利系統利用國際金融組織及外國政府貸款項目的執行管理工作，參與利用外資項目立項審查和前期準備工作；負責水利系統國外智力引進工作；負責水利部機電產品進出口的立項預審、編報計劃和監督實施工作；承擔水利部出國人員護照和簽證辦理、外事教育、成果管理等工作。
（五）承辦水資源管理、保護、節約的業務工作；負責全國水資源統計工作；開展與水資源管理、保護、節約有關的社會化服務工作。
（六）負責水土保持生態環境監測網絡建設與管理工作；負責水土流失生態環境狀況普查和動態監測；承擔水土保持建設咨詢與管理工作；承擔水土保持方案編制資質、監測資質的審查和管理工作。
（七）承擔水利水電建設項目監管和工程質量監督有關業務工作；承辦水利水電建設與管理發展戰略研究工作；承擔水利水電建設與管理資質及從業人員執業資格評審的業務工作；承擔全國水利水電工程安全管理業務工作。
（八）負責水利水電機電產品質量監督管理和發放水利水電機電產品生產（使用）許可證工作；負責機電設備監造工程師執業資格管理；負責水利水電機電新產品鑒定及推廣。
（九）承擔部委托的國有資產、股權及收益管理工作，並行使出資人權利；受部委托管理有關資金；負責擬定有關資產運營方案並組織實施；負責水利系統技術改造項目的評審和咨詢工作。
（十）承擔水利系統多種經營規劃編制及行業管理工作；負責本局綜合經營開發項目的管理工作。
（十壹）負責全國沙棘種植示範基地建設；承擔沙棘資源普查及管理工作；承擔沙棘產品科研、開發和咨詢工作。
（十二）開展與綜合事業局業務有關的有償服務及經營活動。
（十三）承擔水利系統精神文明建設工作。
（十四）承辦水利部交辦的其它事項 。