(壹)市場體制不完善，沒有形成有效推進自主創新的體制和制度環境
社會主義市場經濟體制不完善，沒有形成公平競爭和講究誠信的市場環境。知識產權保護制度尚不完善，尚未建立起有利於自主知識產權產生和轉移的法制環境。整個社會缺乏創新的文化氛圍，培育創新人才和創新精神，尊重個性、恪守誠信、公平競爭、激勵探索、提倡冒尖、寬容失敗的良好的創新文化和創新環境還沒有形成。
(二)政府作用和政策沒有發揮好，有時甚至成為自主創新的障礙
雖然全國上下普遍重視和強調發揮“科學技術第壹生產力”的作用，但有些地方和部門並沒有把技術進步和創新放在經濟社會發展的優先地位。
1.科技與經濟結合問題尚未根本解決。科學技術與經濟社會發展脫節壹直是我國發展中的壹個重要癥結。雖然經濟體制和科技體制改革已經進行了20多年，科研力量的主體已經進入國民經濟主戰場，但是高層次的科技與經濟結合的體制問題，深層次的科技與經濟結合的機制問題尚未從根本上得到解決，適應社會主義市場經濟體制、經濟與科技相互促進的新型的科技體制和運行機制還有待於建立和完善。
2.政府在產業發展中職能越位和缺位的現象並存。目前，各級政府仍然管了許多不應該管又管不好的事，而不少應該由政府管理的事卻沒有管好。政府在產業發展中職能越位和缺位的現象並存，制約了產業和企業的創新能力。職能越位表現在政府(主要是地方政府)部門過多地運用行政權力，幹預企業經營活動，使市場機制發生扭曲，破壞公平競爭的市場環境和創新環境；職能缺位則表現在政府對事關國民經濟和社會發展的基礎性和戰略性產業缺乏統壹規劃，對支持產業創新的政策缺乏系統研究，對產業創新提供服務的功能弱化等。
3.相關部門之間和部門內部缺乏協調機制，影響了產業創新能力的提升和產業的發展。在宏觀管理體制上尚未形成與之相適應的新的決策體制和組織機制，體制分割已嚴重地影響到國家統壹意誌的達成和重大技術創新活動的有效組織，明顯地削弱了國家科技的組織動員能力和協同集成能力，特別是長期以來條塊分立、相互封閉的行政管理格局始終未能得到根本解決。在決策體制上，部門之間缺乏協調配合，難以在國家整體目標上形成壹致和分工合作的機制，存在著以部門利益代替國家利益的傾向。決策權與責任不對等，沒有形成與事權相壹致的責任追究制度。在資源配置上，競相爭取財政資金，按各自的條條塊塊分配，造成在很多領域國家資金的重復配置和浪費。在重大科技項目的組織上，科技政策與產業政策、投資政策、貿易政策、消費政策之間沒有形成有機的銜接，甚至存在著相互矛盾和抵觸的現象。與許多國家相比，我國科技管理體制的最大問題不是過於集中，而是比較分散。例如，軟件產業管理體系涉及多個部委，使權力和資源相對分散，增加了相互協調、配合的難度，壹定程度上削弱了相關扶持政策的落實力度。
4.國家對壹些重要產業缺乏對自主創新的總體部署和有效安排。部分戰略性產業發展未能妥善處理好近期與遠期、局部與整體的關系，難以形成統壹的戰略部署，也難以形成完整的創新鏈條。同時，***性技術的研發問題很突出，政府的重視與支持不夠。
5.現行政策體系與支持自主創新導向不協調。我國產業創新的體制、機制還很不完善，提高產業自主創新能力受到很大制約。現行的政策體系，基本上以支持GDP增長為主，缺乏支持自主創新的明晰導向。特別是，有些政府部門把有限的資源用於規模擴張、增長速度，實際操作中對自主創新是抑制性的，對技術引進卻是鼓勵性的。主要表現是：政策體系結構不夠合理；政策設計缺乏公平性；政策制訂缺乏適應形勢變化的調整機制；部分政策目標支持創新的導向不明確。
6.政府資金投入使用效率不高，重復浪費嚴重。目前，管理科研經費的部門主要有發改委、科技部、科學院、教育部、基金委以及壹些相關部委，但部門間協調不夠，導致科研經費不能合理、有效地使用。各方面科技力量自成體系、分散重復，宏觀統籌協調能力薄弱，科技資源配置分散重復，整體運行效率不高。壹方面是資源不足，另壹方面又是資源的重復，浪費非常嚴重①。例如，某種衛星接收站，美國只建設了16座就足夠使用，而中國兩年前就已有30座，僅北京就有8座，今後還可能再建50座。在發達國家，大型科學實驗設備利用率比中國高5倍到6倍。由於多頭管理，部門分割、行業分割、條塊分割嚴重，科技資源配置方式、評價制度等不能適應科技發展新形勢和政府職能轉變的要求。
(三)企業創新能力不足，創新的動力機制有待完善
我國企業研發機構數量較少，研發能力不足。在“產學研”結合中，企業基本處於從屬地位。企業普遍重生產輕研究開發，重引進輕消化吸收，重模仿輕創新，創新層次低，高端發明少。很多企業處在有“制造”無“創造”、有“產權”無“知識”的狀態，壹些企業甚至靠仿造和假冒生存②。
我國還沒有形成真正能保護企業家利潤動機的機制和規則。產權制度和法人治理結構不完善，管理制度和利益機制不健全，導致生產經營中的短期行為。重當前、輕長遠，缺乏通過自主創新做強做大企業並實現持續發展的內在動力。
(四)大學和科研院所創新能力不足、創新機制不健全
目前，大學的科研力量還比較分散，科研工作缺少長期、持續發展的綜合目標；科研規劃與重點項目的整合程度不高，難以實現科技資源和成果***享，低水平重復的現象還時有所見；大學現有技術創新平臺的綜合性、交叉性、集成性以及國際化程度普遍較低，交叉學科、新興學科得不到強有力的投入和支持，科學研究、學科發展缺乏核心競爭能力；科研成果轉化的資金匱乏，只有不到10%的科研成果或專利轉化為現實生產力③。多年來，科研機構的研究開發活動，存在著單純的技術導向傾向，註重技術參數、指標的先進性，但對市場需求和規律缺乏把握，其成果往往不具有市場能力。1999年開始的科研院所轉制的總體情況是好的，但也還存在壹些問題。由於生存壓力，有些科研院所轉制後科技活動的規模和水平出現較大下滑，短期行為嚴重，主要集中搞壹些“短平快”的項目，忽視對基礎性、***性技術的研究，影響發展後勁。
(五)學術腐敗嚴重
社會上的過度追求名利和浮躁之風，也對科學界造成沖擊。近年來，腐敗和造假行為已經蔓延到教育界和學術界。壹些人急功近利，科研成果粗制濫造，不顧科研工作的職業操守，弄虛作假，欺騙社會大眾。學術腐敗猖獗不僅是學者個人道德問題，更是壹個社會轉型時期的結構性和體制性問題。